在 heatmap.2 中更改树状图的线宽

Question

我正在尝试使用 gplots::heatmap.2() 绘制热图。有很多行，与图像相比，树状图线看起来很细。我想知道是否有任何技术可以像 this post 中提到的 pheatmap 输出那样加粗树状图线。 谢谢

Answer 1

是的，dendextend 包很容易做到这一点。我们可以在这里使用它的set()功能来达到想要的效果。

set.seed(123)
dat <- matrix(rnorm(100), nrow = 10)

library(gplots)
library(dendextend)

dd <- set(as.dendrogram(hclust(dist(dat))), "branches_lwd", 3)

heatmap.2(dat, Rowv = dd, Colv = dd)

Dendextend 所做的所有其他很酷的东西值得研究。