具有用户定义的颜色条的关系矩阵的热图

Question

我想绘制一个相互关系矩阵的热图来显示与 1 的距离。

我制作了如下热图，但我想根据与 1 的 距离定义 colour；数字越远颜色越浅

library(pheatmap)
pheatmap(Interrelation, cluster_rows = FALSE, cluster_cols = FALSE)

Answer 1

这是一个颜色范围从 "darkblue" 到 "lightblue" 的示例，较深的颜色分配给 mtcars 数据集的中值。

library(pheatmap)

#you can decrease 0.5 if you want finer palette
my_colors <- seq(min(mtcars),max(mtcars), by=0.5) 

my_palette <- c(colorRampPalette(colors=c("lightblue","darkblue"))(n=(length(my_colors)-1)/2),
                "darkblue",
                colorRampPalette(colors=c("darkblue","lightblue"))(n=(length(my_colors)-1)/2))

pheatmap(mtcars,  
         scale = "none",         
         cluster_cols=FALSE,    
         cluster_rows = FALSE,
         treeheight_row=0,      
         show_rownames=FALSE,   
         main = "Example",
         color = my_palette,
         breaks = my_colors)

具有用户定义的颜色条的关系矩阵的热图

Heatmap for a relationship matrix with user-defined colorbar

r

heatmap

colorbar

pheatmap