`knitr_out、`file_out` 和 `vis_drake_graph` 在 R:drake 中的用法
`knitr_out, `file_out` and `vis_drake_graph` usage in R:drake
我正在尝试了解如何在 drake 中正确使用 knitr_out、file_out 和 vis_drake_graph。
我有两个问题。
Q1：使用 knitr_out 和 file_out 创建 markdown 报告
虽然这样的代码适用于我的一个较小的项目：
make_hyp_data_aggregated_report <- function() {
render(
input = knitr_in("rmd/hyptest-is-data-being-aggregated.Rmd"),
output_file = file_out("~/projectname/reports/01-hyp-test.html"),
quiet = TRUE
)
}
plan <- drake_plan(
...
...
hyp_data_aggregated_report = make_hyp_data_aggregated_report()
...
...
)
我的大型项目（包含 ~10 多个报告）中完全相似的代码无法正常工作完全。即，在构建报告时，knitr_in 对象不会在我的大型项目中使用 drake::vis_drake_graph() 显示为图表中的蓝色方块。
两个项目都使用 markdown 中的 drake::loadd(....) 从缓存中获取对象。
vis_drake_graph 中是否有一些代码可以在图形变得繁忙时删除这些方块？
Q2：file_out 个对象在 vis_drake_graph
有没有办法在 vis_drake_graph 中将 file_out 对象本身显示为 circles/squares？
Q3：包出现在 vis_drake_graph
有没有办法避免 vis_drake_graph 显式打印包？ （基本上任何带有 :: 的东西）
Q1
每个文字文件路径都需要有自己的 knitr_in() 或 file_out()。如果你有一个函数与一个 knitr_in()，即使你多次使用该函数，那仍然只算作一个文件路径。我建议在计划级别编写这些关键字，例如
plan <- drake_plan(
r1 = render(knitr_in("report1.Rmd"), output_file = file_out("report1.html")),
r2 = render(knitr_in("report2.Rmd"), output_file = file_out("report2.html")),
r3 = render(knitr_in("report3.Rmd"), output_file = file_out("report3.html"))
)
Q2
它们应该出现，除非您在 vis_drake_graph() 中设置 show_output_files = FALSE。
Q3
不，但如果有什么安慰的话，我确实对在 drake 中完全跟踪命名空间函数和对象的决定感到遗憾。 drake 的方法对于跟踪包裹来说根本不是最优的，我 plan to get rid of it if there ever comes time for a round of breaking changes。否则，除了 vis_drake_graph(targets_only = TRUE) 之外，没有其他方法可以摆脱它，这也摆脱了图中的所有导入。
我正在尝试了解如何在 drake 中正确使用 knitr_out、file_out 和 vis_drake_graph。
我有两个问题。
Q1：使用 knitr_out 和 file_out 创建 markdown 报告
虽然这样的代码适用于我的一个较小的项目：
make_hyp_data_aggregated_report <- function() {
render(
input = knitr_in("rmd/hyptest-is-data-being-aggregated.Rmd"),
output_file = file_out("~/projectname/reports/01-hyp-test.html"),
quiet = TRUE
)
}
plan <- drake_plan(
...
...
hyp_data_aggregated_report = make_hyp_data_aggregated_report()
...
...
)
我的大型项目（包含 ~10 多个报告）中完全相似的代码无法正常工作完全。即，在构建报告时，knitr_in 对象不会在我的大型项目中使用 drake::vis_drake_graph() 显示为图表中的蓝色方块。
两个项目都使用 markdown 中的 drake::loadd(....) 从缓存中获取对象。
vis_drake_graph 中是否有一些代码可以在图形变得繁忙时删除这些方块？
Q2：file_out 个对象在 vis_drake_graph
有没有办法在 vis_drake_graph 中将 file_out 对象本身显示为 circles/squares？
Q3：包出现在 vis_drake_graph
有没有办法避免 vis_drake_graph 显式打印包？ （基本上任何带有 :: 的东西）
Q1
每个文字文件路径都需要有自己的 knitr_in() 或 file_out()。如果你有一个函数与一个 knitr_in()，即使你多次使用该函数，那仍然只算作一个文件路径。我建议在计划级别编写这些关键字，例如
plan <- drake_plan(
r1 = render(knitr_in("report1.Rmd"), output_file = file_out("report1.html")),
r2 = render(knitr_in("report2.Rmd"), output_file = file_out("report2.html")),
r3 = render(knitr_in("report3.Rmd"), output_file = file_out("report3.html"))
)
Q2
它们应该出现，除非您在 vis_drake_graph() 中设置 show_output_files = FALSE。
Q3
不，但如果有什么安慰的话，我确实对在 drake 中完全跟踪命名空间函数和对象的决定感到遗憾。 drake 的方法对于跟踪包裹来说根本不是最优的，我 plan to get rid of it if there ever comes time for a round of breaking changes。否则，除了 vis_drake_graph(targets_only = TRUE) 之外，没有其他方法可以摆脱它，这也摆脱了图中的所有导入。