将一个文本文件中的字符串行与另一个文本文件进行比较，并在发生不匹配时显示错误

Question

我是 C# 的新手，我正在努力解决一个我认为在概念上应该非常简单的问题，但我就是无法理解。

我目前正在尝试在程序运行来自带有两个参数的命令行时向控制台显示一条消息，如果序列 ID 不存在于充满序列 ID 的文本文件中并且针对充满序列 ID 的查询文本文件的 DNA 序列。例如 args[0] 是一个包含 41534 行序列的文本文件，这意味着我无法将整个文件加载到内存中。:

NR_118889.1 Amycolatopsis azurea strain NRRL 11412 16S ribosomal RNA, partial sequence GGTCTNATACCGGATATAACAACTCATGGCATGGTTGGTAGTGGAAAGCTCCGGCGT

NR_118899.1 Actinomyces bovis strain DSM 43014 16S ribosomal RNA, partial sequence GGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCNNACTTCTGGATAACCGCTTGAAAGGGTNGCTAATACGGGATATTTTGGCCTGCT

NR_074334.1 Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 16S ribosomal RNA, complete sequence >NR_118873.1 Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 strain VC-16 16S ribosomal RNA, complete sequence >NR_119237.1 Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 strain VC-16 16S ribosomal RNA, complete sequence
ATTCTGGTTGATCCTGCCAGAGGCCGCTGCTATCCGGCTGGGACTAAGCCATGCGAGTCAAGGGGCTT

args[1] 是一个带有一些序列 ID 的查询文本文件：

NR_118889.1

NR_999999.1

NR_118899.1

NR_888888.1

所以当程序是运行时，我想要的只是在 args[0] 中找不到的序列 ID 来自 args[ 1]待显示。

NR_999999.1 找不到

NR_888888.1 找不到

我知道这可能非常简单，而且我花了太长时间试图自己解决这个问题，以至于我想寻求帮助。

提前感谢您的帮助。

Answer 1

你可以试试这个。

它加载每个文件内容并相互比较。

static void Main(string[] args)
{
  if ( args.Length != 2 )
  {
    Console.WriteLine("Usage: {exename}.exe [filename 1] [filename 2]");
    Console.ReadKey();
    return;
  }

  string filename1 = args[0];
  string filename2 = args[1];

  bool checkFiles = true;

  if ( !File.Exists(filename1) )
  {
    Console.WriteLine($"{filename1} not found.");
    checkFiles = false;
  }

  if ( !File.Exists(filename2) )
  {
    Console.WriteLine($"{filename2} not found.");
    checkFiles = false;
  }
  if ( !checkFiles )
  {
    Console.ReadKey();
    return;
  }

  var lines1 = System.IO.File.ReadAllLines(args[0]).Where(l => l != "");
  var lines2 = System.IO.File.ReadAllLines(args[1]).Where(l => l != "");

  foreach ( var line in lines2 )
    if ( !lines1.StartsWith(line) )
    {
      Console.WriteLine($"{line} could not be found");
      checkFiles = false;
    }

  if (checkFiles)
    Console.WriteLine("There is no difference.");

  Console.ReadKey();
}

Answer 2

这有效，但它只处理文件的第一行...

using( System.IO.StreamReader sr1 = new System.IO.StreamReader(args[1]))
                {
                    using( System.IO.StreamReader sr2 = new System.IO.StreamReader(args[2]))
                    {
                        string line1,line2;

                while ((line1 = sr1.ReadLine()) != null) 
                {
                    while ((line2 = sr2.ReadLine()) != null)
                    {
                        if(line1.Contains(line2))
                        {
                            found = true;
                            WriteLine("{0} exists!",line2);
                        }



                        if(found == false)
                        {
                            WriteLine("{0} does not exist!",line2);
                        }
                    }
                }
                    }
                }

Answer 3

var saved_ids = new List<String>();
foreach (String args1line in File.ReadLines(args[1]))
                {

                    foreach (String args2line in File.ReadLines(args[2]))
                    {

                        if (args1line.Contains(args2line))
                        {
                            saved_ids.Add(args2line);


                        }



                    }

                }

                using (System.IO.StreamReader sr1 = new System.IO.StreamReader(args[1]))
                        {
                            using (System.IO.StreamReader sr2 = new System.IO.StreamReader(args[2]))
                            {


                                string line1, line2;



                                while ((line1 = sr1.ReadLine()) != null)
                                  {





                                    while ((line2 = sr2.ReadLine()) != null)
                                     {






                                        if (line1.Contains(line2))
                                        {

                                            saved_ids.Add(line2);
                                            break;


                                        }


                                        if (!line1.StartsWith(">"))
                                        {
                                            break; 
                                        }

                                        if (saved_ids.Contains(line1))
                                        {

                                            break;
                                        }

                                        if (saved_ids.Contains(line2))
                                        {
                                            break;
                                        }


                                        if (!line1.Contains(line2))
                                        {
                                            saved_ids.Add(line2);
                                            WriteLine("The sequence ID {0} does not exist", line2);



                                        }





                                    }








                                    if (line2 == null)
                                    {
                                        sr2.DiscardBufferedData();
                                        sr2.BaseStream.Seek(0, System.IO.SeekOrigin.Begin);
                                        continue;
                                    }
                                }
                            }
                        }

将一个文本文件中的字符串行与另一个文本文件进行比较，并在发生不匹配时显示错误

Comparing lines of string in one text file against another text file, and displaying an an error when a non-match occurs

c#

while-loop

filestream

streamreader

args