跳过 lapply 中的错误并继续在 R 中处理 ncdf4 文件

Question

我使用 "sub" 脚本在 LINUX HPC 上提交了一个 R 脚本。我在 R 中编写了一个函数来应用于列表。但是，一旦遇到错误文件，它就会停止运行。如何以跳过错误并继续处理好的 netcdf 文件的方式编写 R 函数？脚本：

##list files in the SEVIRI data folder
LST1<-list.files(pattern="GT_SSD.*\.nc",recursive=T, path="/data atsr/SEVIRI/2007")

##Function to create rasters
fun2<-function(x){
##Open the files  
y1<-nc_open(x)
##Get soil moisture variable
y2<-ncvar_get( y1,"LST")
y3<-t(y2)
R1<-raster(y3, xmn=-80,xmx=80,ymn=-42,ymx=80)
proj4string(R1)<-CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84")
frm <- extent(c(-19, 19,2,29))
pfrm <- as(frm, 'SpatialPolygons')  
R3<-crop(R1,pfrm)}

当我应用函数时

LST2<-lapply(LST1,fun2)

错误信息是：

 Error in nc_open(x) : 
 Error in nc_open trying to open file GT_SEV_2P/GT_SSD- L2-SEVIR_LST_2-20110122_010000-LIPM-0.05X0.05-V1.0.nc

一旦发生这种情况，脚本就会停止运行。请问我如何确保它保持运行好？以上代码只是第一组代码

Answer 1

这里有一个 try 的例子。请注意，我大大简化了您的功能。我不能确定这一点，因为我没有你的数据，但这种更直接的方法在大多数情况下都有效。您当然不需要创建用于裁剪的 SpatialPolygons 对象。

fun2 <- function(x, ext) {
    R1 <- try(raster(x, var="LST"), silent=TRUE)
    if (class(R1) == 'try-error') {
        return(NA)
    }
    frm <- extent(c(-19, 19, 2, 29))
    crop(R1, frm)
}

x <- lapply(LST1, fun2)

跳过 lapply 中的错误并继续在 R 中处理 ncdf4 文件

Skip error in lapply and continue processing ncdf4 files in R

r

skip

lapply