使用 ggplot2 绘制置信带

Question

我有一个与此类似的数据集：

x <- data.frame(date = c(20190902, 20190903, 20190904),
            Group = c(rep("A", 3)),
            mean = c(2.5, 3.4, 4.6),
            ci_upper = c(1.2, 0.5, 0.3),
            ci_lower = c(0.5, 0.4, 0.25))

y <- data.frame(date= c(20190902, 20190903, 20190904),
            Group = c(rep("B", 3)),
            mean = c(0.4, 3.8, 6.2),
            ci_upper = c(1.9, 0.9, 0.5),
            ci_lower = c(0.5, 0.8, 0.8))

df <- rbind(x, y)

我想绘制整个时间范围内的置信带，有 2 个不同的组（A 和 B）。

目前我正在使用这个方法但是没有用：

p <- ggplot(df) + 
    geom_line(aes(y = mean, x = date, group = type ))+
    geom_ribbon(aes(ymin = ci_lower, ymax = ci_upper, x = week, fill = "grey70"), alpha = 0.3)+
    scale_colour_manual("", values = "blue")+
    scale_fill_manual("", values = "grey12")

我不确定该如何处理。

Answer 1

你快到了。只需要对 aes() 进行一些小的更正。

但首先我会略微修改输入以使结果看起来更漂亮（现在 ci_upper/ci_lower 与相应的平均值相比并不总是 more/less） :

# to ensure reproducibility of the samples
set.seed(123)
df$ci_lower <- df$mean - sample(nrow(x))
df$ci_upper <- df$mean + sample(nrow(x))

您的 ggplot() 调用中应该更改的主要内容是用于绘图的美学定义。请注意，默认美学值只能设置一次。

p <- ggplot(df, 
    aes(x = as.Date(as.character(date), format = "%Y%m%d"), 
        y = mean,
        group = Group, col = Group, fill = Group)) + 
    geom_line() +
    geom_ribbon(aes(ymin = ci_lower, ymax = ci_upper), alpha = 0.3)+
    scale_colour_manual("", values = c("red", "blue")) +
    scale_fill_manual("", values = c("red", "blue"))

结果如下：

实际上，最后两行代码甚至不是必需的，因为默认的 ggplot-color 方案（您用来显示所需结果的方案）看起来也非常好。

使用 ggplot2 绘制置信带

Plot the confidence band with ggplot2

r

ggplot2

confidence-interval