使用 nextflow 创建奇点容器

Question

我正在尝试构建一个安装了 nextflow 的奇点容器。完成构建后，我将其安装在目录中并将其安装为 ROOT。当我尝试运行容器时，它失败了，因为我不是 root。我查看了最佳实践，它说了以下内容：

始终将包、程序、数据和文件安装到操作系统位置（例如，不是 /home、/tmp 或任何其他可能经常绑定的目录）。

我的 def 文件：

BootStrap: yum
OSVersion: 7
MirrorURL: http://mirror.centos.org/centos-%{OSVERSION}/%{OSVERSION}/os/$basearch/
Include: yum

%post
    yum -y install java-1.8.0-openjdk-headless
    yum -y install wget
    yum -y install which

    mkdir /s2fast
    cd /s2fast
    wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

%runscript
    exec /s2fast/nextflow

运行它让我感动 'Permission Denied' 我是运行ning 奇点 3.4.0-1

不确定我是否应该考虑使用绑定路径、叠加层或其他方式？

Answer 1

如果你的容器只需要Nextflow, may I suggest using the Nextflow biocontainer from quay.io?

singularity pull docker://quay.io/biocontainers/nextflow:19.07.0--hecc5488_0

如果您需要与 Nextflow 一起安装其他应用程序，通常会将这些安装到 /usr/local/bin。但是像您所做的那样使用自定义目录路径并没有错。无论如何，您需要确保这些应用程序具有必要的权限。只需将 chmod 755 /s2fast/nextflow 添加到您的 %post section. Also remove your %runscript 部分。通常不需要它，除非您需要处理命令行参数。

使用 nextflow 创建奇点容器

Creating singularity container with nextflow

scientific-computing

nextflow

singularity-container