将隶属关系映射到邻接矩阵输出

Question

library(igraph)

A=c(1,1,0,0) 
B=c(1,0,1,0) 
C=c(1,0,1,0) 
D=c(0,1,0,1) 
E=c(0,0,1,1) 
aff=matrix(c(A,B,C,D,E),nrow=5,byrow=TRUE) 
dimnames(aff)=list(c("A","B","C","D","E"),c("Group1","Group2","Group3","Group4"))

看起来像这样：

##   Group1 Group2 Group3 Group4
## A      1      1      0      0
## B      1      0      1      0
## C      1      0      1      0
## D      0      1      0      1
## E      0      0      1      1

您可以从中生成（使用 aff %*% t(aff)）以下邻接矩阵：

##   A B C D E
## A 2 1 1 1 0
## B 1 2 2 0 1
## C 1 2 2 0 1
## D 1 0 0 2 1
## E 0 1 1 1 2

组（例如 Group1、Group2 等）在转换为邻接矩阵时未保留，因此在绘图时：

m2=aff %*% t(aff)
g2=graph_from_adjacency_matrix(m2, "undirected", weighted=T, diag=F)
plot(g2, edge.width=E(g2)$weight)

无法知道 A 和 B、A 和 C 等之间存在什么共享组连接。

我的问题：有没有什么方法可以保留这个分组变量，以便可以从邻接矩阵制作绘图，同时允许将边标记为 Group3 或 Group1 像这样？:

注意：我打算使用visNetwork，而不是igraph，但这个问题似乎源于数据结构本身而不是使用的包，所以我选择了这个简单的缘故。

Answer 1

m3 = get.edgelist(g2)
lbls = sapply(1:NROW(m3), function(i){
    toString(names(which(aff[m3[i, 1],] == 1 & aff[m3[i, 2],] == 1)))
})
plot(g2, edge.label = lbls)

将隶属关系映射到邻接矩阵输出

Mapping affiliations to adjacency matrix output

r

neural-network

igraph

graph-theory

adjacency-matrix