如何在 RPy 中使用 smooth.spline 的 lambda 参数而不 Python 将其解释为 lambda

Question

我想在 Python 中使用 R 中的自然三次平滑样条 smooth.spline（就像许多其他人想要的一样（Python natural smoothing splines, Is there a Python equivalent to the smooth.spline function in R, Python SciPy UnivariateSpline vs R smooth.spline，...））因此我使用 rpy2 就像 https://morioh.com/p/eb4151821dc4 中描述的那样，但我想直接设置 lambda 而不是 spar:

import rpy2.robjects as robjects
r_y = robjects.FloatVector(y_train)
r_x = robjects.FloatVector(x_train)

r_smooth_spline = robjects.r['smooth.spline'] #extract R function# run smoothing function
spline1 = r_smooth_spline(x=r_x, y=r_y, lambda=42)
#alternative: spline1 = r_smooth_spline(x=r_x, y=r_y, spar=0.7) would work fine, but I would like to control lambda dirctly
ySpline=np.array(robjects.r['predict'](spline1,robjects.FloatVector(x_smooth)).rx2('y'))
plt.plot(x_smooth,ySpline)

当我这样做时，行 spline1 = r_smooth_spline(x=r_x, y=r_y, lambda=42) 不起作用，因为 Python 已经预定义了 lambda 的解释（您可以从 lambda) :( 我希望 lambda 被解释为平滑惩罚参数 lambda。

如果我用 spar 替换 lambda 我会得到一个自然的三次样条，但我想直接控制 lambda。

Answer 1

您可以在函数调用中使用 Python 的 **<dict> 来指定 R 命名参数，这些参数的名称在 Python 中在句法上无效。

有关详细信息，请参阅文档：https://rpy2.github.io/doc/v3.2.x/html/robjects_functions.html

Answer 2

也许您可以在调用 smooth.spline 时使用 rpy2 的 Function.rcall() 方法？

import rpy2.robjects as robjects
r_y = robjects.FloatVector(y_train)
r_x = robjects.FloatVector(x_train)

r_smooth_spline = robjects.r['smooth.spline']
args = (('x',r_x), ('y',r_y), ('lambda',42)) # pattern (('argname', value),...)

# import R's "GlobalEnv" to evaluate the function
from rpy2.robjects import globalenv

spline1 = r_smooth_spline.rcall(args, globalenv)

Answer 3

这个小技巧可以解决您遇到的具体问题，方法是让您在字符串中写入 "lambda"。

kwargs = {"x": r_x, "y": r_y, "lambda":  42}
spline1 = r_smooth_spline(**kwargs)

在一般情况下，您可以使用元组和字典轻松传递参数容器。

# as normal
f = function("foo", "bar", my_kwarg="my_value")

# the same call using argument containers
args = ("foo", "bar")
kwargs = {"my_kwarg": "my_value"}
f = function(*args, **kwargs)

如何在 RPy 中使用 smooth.spline 的 lambda 参数而不 Python 将其解释为 lambda

How to use the lambda argument of smooth.spline in RPy WITHOUT Python interprating it as lambda

python

r

spline

smoothing

rpy2