在 cytoscape 中可视化 clr 网络
visualizing clr network in cytoscape
有谁知道如何从生成 clr 网络到使用 cystoscape 很好地可视化网络？我使用 minet 包生成了一个 clr 网络，如下所示：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("minet")
library(Rgraphviz)
library(minet)
data(syn.data)
mim <- build.mim(syn.data,estimator="spearman")
#net<-minet(syn.data,"mrnet","mi.shrink","equalwidth",10)
net <- clr( mim, skipDiagonal=1 )
graph <- as(net, "graphNEL")
上面的代码在我的 rstudio 中可视化了网络，但我想从 cytoscape 中获得一个更好看的网络，在那里我还可以灵活地为节点着色。谢谢
你有邻接矩阵，其中 row.names 和列名是你的基因。然后你应该把这个矩阵文件转换成边列表文件：
graph_adj=as.data.frame(as.table(as.matrix(net)))
write.table(graph_adj, "graph_adj.txt", sep="\t")
现在您可以在 excel 中打开文件，对其进行编辑，最后导入到 cytoscape。
有谁知道如何从生成 clr 网络到使用 cystoscape 很好地可视化网络？我使用 minet 包生成了一个 clr 网络，如下所示：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("minet")
library(Rgraphviz)
library(minet)
data(syn.data)
mim <- build.mim(syn.data,estimator="spearman")
#net<-minet(syn.data,"mrnet","mi.shrink","equalwidth",10)
net <- clr( mim, skipDiagonal=1 )
graph <- as(net, "graphNEL")
上面的代码在我的 rstudio 中可视化了网络，但我想从 cytoscape 中获得一个更好看的网络，在那里我还可以灵活地为节点着色。谢谢
你有邻接矩阵，其中 row.names 和列名是你的基因。然后你应该把这个矩阵文件转换成边列表文件：
graph_adj=as.data.frame(as.table(as.matrix(net)))
write.table(graph_adj, "graph_adj.txt", sep="\t")
现在您可以在 excel 中打开文件，对其进行编辑，最后导入到 cytoscape。