在 python 中尝试读取 .fasta 文件时出现错误

Question

我正在尝试将 .fasta 文件作为字典读取并提取文件中的 header 和序列 separately.there 是几个 header 和序列。下面是一个例子。

header= CMP12
sequence=agcgtmmnngucnncttsckkld

但是当我尝试使用函数 read_f 读取 fasta 文件并使用 print(dict.keys()) 测试它时，我得到一个空列表。

def read_f(fasta):
    '''Read a file from a FASTA format'''

    dictionary = {}
    with open(fasta) as file:
        text = file.readlines()
        print(text)

    name=''
    seq= ''
    #Create blocks of fasta text for each sequence, EXCEPT the last one
    for line in text:
        if line[0]=='>':
            dictionary[name] = seq
            name=line[1:].strip()
            seq=''

        else: seq = seq + line.strip()
    yield name,seq


fasta= ("sample.prot.fasta")
dict = read_f(fasta)

print(dict.keys())

这是我得到的错误：

'generator' object has no attribute 'keys'

Answer 1

使用yield关键字意味着当你调用函数read_fasta时，函数不会被执行。相反，会返回一个生成器，您必须迭代此生成器以获取函数生成的元素。
具体来说，将 dict = read_fasta(fasta) 替换为 dict = read_fasta(*fasta) 应该可以完成这项工作（* 是解包的运算符）。

Answer 2

正如 Iguananaut 已经提到的，Bipython 可以帮助您。（需要安装 biopython 包）参见 Biopython "sequence file to dictionary"

from Bio import SeqIO

fasta= "sample.prot.fasta"

seq_record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(fasta, "fasta"))

在 python 中尝试读取 .fasta 文件时出现错误

Im getting error while tring to read .fasta file in python

python

fasta