Ggpairs barDiag 与正态曲线

Question

我正在使用 ggplot2 中的 ggpairs。

我需要在 ggpairs 的对角线上得到一个直方图，但想使用数据的均值和 sd 叠加正态密度曲线。

我阅读了帮助 (https://www.rdocumentation.org/packages/GGally/versions/1.4.0/topics/ggpairs)，但找不到执行此操作的选项。我想我必须构建自己的函数 (myfunct) 然后

ggpairs(sample.dat, diag=list(continuous = myfunct))

有没有人试过这个？

我尝试了以下方法：

head(data) 
      x1    x2    x3    x4    x5    x6     F1    F2 
1 -0.749 -1.57 0.408 0.961 0.777 0.171 -0.143 0.345 

myhist = function(data){ 
          ggplot(data, aes(x)) + 
             geom_histogram(aes(y = ..density..),colour = "black") + 
             stat_function(fun = dnorm, args = list(mean = mean(x), sd = sd(x))) 
           } 

ggpairs(sample.data, diag=list(continuous = myhist))

结果是：

Error in (function (data) : unused argument (mapping = list(~x1))

Answer 1

This question 在ggplot2 中提供了将正态曲线添加到直方图的代码示例。您可以使用它来编写自己的函数以传递给 ggpairs 的 diag 参数。要计算数据的mean和sd，可以使用例如eval_data_col(data, mapping$x)抓取相关数据。下面的示例（可能比需要的复杂一点，但它允许您使用 wrap 功能传递参数以更改颜色等。

library(GGally)    

diag_fun <- function(data, mapping, hist=list(), ...){

    X = eval_data_col(data, mapping$x)
    mn = mean(X)
    s = sd(X)

    ggplot(data, mapping) + 
      do.call(function(...) geom_histogram(aes(y =..density..), ...), hist) +
      stat_function(fun = dnorm, args = list(mean = mn, sd = s), ...)
  }

ggpairs(iris[1:100, 1:4], 
        diag=list(continuous=wrap(diag_fun, hist=list(fill="red", colour="blue"), 
                                  colour="green", lwd=2)))

Ggpairs barDiag 与正态曲线

Ggpairs barDiag with normal curve

r

ggplot2

ggpairs