R. 为数据框中的行范围分配颜色，生成 PCA 点图

Question

我有一个像这样的数据框 df1（实际上它有数千行）：

SampleID  PC1  PC2
SJ-27_SJ-27  0.0246128  0.0188152
SJ-28_SJ-28  0.0286733 -0.0145702
SJ-54_SJ-54  0.0344723  0.0236423
SJ-61_SJ-61  0.0265009  0.0202153
SJ-66_SJ-66  0.0303340  0.0071670
SJ-71_SJ-71 -0.0004866 -0.0037853

使用 R，我想绘制 PC1 与 PC2，例如：

plot(df1[,2], df1[,3])

但是我想根据行号给绘图的点赋予不同的颜色。例如，第 1-2 行为绿色，第 3-4 行为红色，第 5-6 行为灰色。我会在下面 link:

中得到这样的图像

https://www.biostars.org/p/271694/

一定有一个非常简单的方法可以做到这一点，但我找不到。非常感谢。

Answer 1

在 base R 中，您可以添加一列（或创建一个向量），其中包含人口组的因子变量，然后映射到颜色。使用您的示例数据：

df1$Grp <- factor(c("A", "A", "A", "B", "B", "B"))

plot(df1$PC1, df1$PC2, col = df1$Grp, pch = 16)

ggplot2 让您可以更好地控制颜色映射和自动图例：

library(ggplot2)
ggplot(df1, aes(PC1, PC2)) +
geom_point(aes(color = Grp)) +
theme_bw()

R. 为数据框中的行范围分配颜色，生成 PCA 点图

R. Assign colors to row ranges in data frame producing a PCA dot plot

plot

r

colors

pca