rpy2 3.2.0 关于 python 3.7 问题 w/ importing robjects

Question

python3.7.3，rpy2 3.2.0，代码如下：

from rpy2 import robjects

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 14, in <module>
    import rpy2.rinterface as rinterface
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface.py", line 6, in <module>
    from rpy2.rinterface_lib import openrlib
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/openrlib.py", line 65, in <module>
    _get_dataptr_fallback)
  File ".virtualenvs/flask3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/rinterface_lib/openrlib.py", line 50, in _get_symbol_or_fallback
    res = getattr(rlib, symbol)
RuntimeError: found a situation in which we try to build a type recursively.  This is known to occur e.g. in ``struct s { void(*callable)(struct s); }''.  Please report if you get this error and really need support for your case.

这是怎么回事？这看起来像是 rypy2 的标准程序，实际上我们是如何在 python 2.

下使用它的

同样的问题适用于任何类型的 rpy2 导入：import rpy2.robjects.tests 等等

Answer 1

我运行遇到了同样的问题，并发现了与上面链接的@ejolly 相同的问题。为了解决这个问题，我将 cffi 库从 1.13.0 降级为 1.12.3。

pip install cffi==1.12.3

工作得很好。

Answer 2

编辑：cffi 1.13.1 已发布。只需更新它，一切都应该工作。

问题出现在 cffi 1.13.0 中，但似乎仅限于 ABI 模式。

rpy2 会尝试使用 API 模式，但如果失败会自动回退到 ABI 模式。如果您的系统可以配置为具有 C 编译器，则应安装 API 模式。强制使用API模式，设置环境变量：

RPY2_CFFI_MODE=API

（请参阅文档中的信息框： https://rpy2.github.io/doc/v3.2.x/html/overview.html#install-from-source)

rpy2 3.2.0 关于 python 3.7 问题 w/ importing robjects

rpy2 3.2.0 on python 3.7 issues w/ importing robjects

python

r

python-3.x

rpy2