如何将 scipy 树状图保存为高分辨率文件？

Question

我有一个包含 600 个不同标签的矩阵。因此，它确实是一个大文件；当我创建一个图形来聚类我的数据时，我无法很好地看到这些标签。我应该如何创建高分辨率文件并保存它？

我已经尝试了下面的代码。

import scipy.cluster.hierarchy as hcluster
import scipy.spatial.distance as ssd

SimMatrix = mainTable

distVec = ssd.squareform(SimMatrix)
linkage = hcluster.linkage(1 - distVec)
dendro  = hcluster.dendrogram(linkage, leaf_rotation=90., leaf_font_size=0.5,)

matplotlib.pyplot.savefig('plt.png', dpi=520, format='png', bbox_inches='tight')

我正在尝试获取大的高分辨率文件，它可以是 png 或 jpeg。

我得到了下图。

https://imgur.com/Iij1BdB

Answer 1

问题不在于您的分辨率，而在于图像的大小（或线条的大小）。由于我不知道如何更改树状图中的线宽，我将直接使用直接的解决方案来制作一个巨大的图像。

import scipy.cluster.hierarchy as hcluster
import scipy.spatial.distance as ssd
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

SimMatrix = np.random.random((600,600))
SimMatrix = SimMatrix+SimMatrix.T
SimMatrix = np.abs(SimMatrix-np.diag(np.diag(SimMatrix)))

distVec = ssd.squareform(SimMatrix)
linkage = hcluster.linkage(distVec) #Changed here do NOT C+P back
plt.figure(figsize=(150,150))
dendro  = hcluster.dendrogram(linkage, leaf_rotation=90., leaf_font_size=0.5,)

plt.savefig('plt.png', format='png', bbox_inches='tight')
plt.savefig('plt.jpg', format='jpg', bbox_inches='tight')

保存的图像在我看来很糟糕，当我打开它们时，只有放大才能解决问题。但是jupyter notebook中的内联图看起来不错，所以也许你只需要稍微玩一下格式就可以了。

这可能不是最好的解决方案，但对我来说很有效。希望其他更有能力的人也能给你正确的解决方案！

Ps.: 不要尝试用 520 DPI 保存这些，会破坏 pyplot。

如何将 scipy 树状图保存为高分辨率文件？

How to save a scipy dendrogram as high resolution file?

matplotlib

cluster-computing

hierarchy

dendrogram

scipy