如何使用 Python 和 VTK 从分割 MRI 文件创建网格表面

Question

我有一个 nifti 格式的 3D 医学图像二进制掩码，"mask.nii.gz" 我想从中提取表面网格。

我可以将二进制掩码数据加载到 numpy.ndarray 中，如下所示

import numpy as np
import nibabel as nib
filePath = "mask.nii.gz"
image = nib.load(filePath)
image_data = image.get_data()

但不确定如何使用上面的 image_data 使用 vtkDiscreteMarchingCubes() 渲染表面并从渲染表面输出顶点。

有人可以阐明这个问题吗？抱歉，我对这里的 VTK 库很陌生。非常感谢。

Answer 1

您可以使用 skimage.measure 创建网格，使用 marching_cubes 在你的情况下，尝试将 nib.image 转换为 numpy ndarray

image_ndarray = np.array(imgage.dataobj).astype(np.float64)
verts, faces, norm, val = measure.marching_cubes_lewiner(image, threshold, step_size=step_size, allow_degenerate=True)

如何使用 Python 和 VTK 从分割 MRI 文件创建网格表面

How to create mesh surface from segmentation MRI file using Python and VTK

python

vtk

neuro-image