将 SLURM 作业墙时间解析为 bash 个变量

Question

使用 SLURM，我运行命令

squeue -u enter_username

我得到一个 table 输出，标题如下

JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)

我正在尝试记录工作运行的持续时间。这次我找不到 SLURM 提供的环境变量来捕获，所以我想我只能解析 squeue 的输出。这并不像我想象的那么容易，因为挂钟没有固定的格式。换句话说，它并不总是显示 dd-HH:MM:SS。如果没有天，那么输出只是 HH:MM:SS，如果没有小时，输出是 MM:SS，等等

我正在使用 bash 执行此操作，我需要捕获日期 (dd) 和小时 (HH) 并将它们分别分配给一个变量。当格式是动态的时，我很难做到这一点。

要捕获时间条目，我只需执行以下操作（在 SLURM bash 脚本中）

 time_str=$(squeue -u enter_username | grep "$SLURM_JOB_ID" | cut -d "R" -f2- | gawk '{print }')

正如我之前所说，time_str没有固定的格式。希望有经验的大侠帮忙。

Answer 1

通过阅读 squeue 命令的手册页，您似乎可以通过让 squeue 只输出您需要的信息来简化问题：

squeue -h -j ${jobid} -O timeused

那么您的任务就是简单地解析该输出，可以按如下方式完成：

#!/bin/bash

line="-$(squeue -h -j ${jobid} -O timeused)" # Leading '-' aids parsing.

parts=( 0 0 0 0 )
index=3
while [ ${#line} -gt 0 ]; do
  parts[${index}]=${line##*[-:]}
  line=${line%[-:]*}
  ((index--))
done

现在数组${parts[*]}恰好包含4个元素，0到3，分别代表日、时、分、秒。

Answer 2

上面@Andrew Vickers 提出的解决方案按预期工作。但是，我更进一步实施了固定的 2 位数字格式

index=0
while [ ${index} -lt 4 ]; do
    if [ ${#parts[${index}]} -lt 2 ]; then
        parts[${index}]="0${parts[${index}]}"
    fi
((index++))
done

条件检查可以合并到他的答案中，但需要调整他的循环以格式化所有变量。

将 SLURM 作业墙时间解析为 bash 个变量

Parse SLURM job wall time to bash variables

bash

time

date

slurm