PETSc 挂在 MatView() 上
PETSc hangs on MatView()
我正在尝试在 PETSc 中创建和打印 MATDENSE 矩阵。我的 MWE 看起来像这样:
static char help[] = "";
#include <petscmat.h>
#include <petscviewer.h>
int main(int argc,char **args)
{
Mat A;
PetscInt Istart,Iend,m = 2,n = 2;
PetscErrorCode ierr;
PetscMPIInt rank,size;
PetscViewer viewer;
ierr = PetscInitialize(&argc,&args,(char*)0,help);if (ierr) return ierr;
ierr = MPI_Comm_rank(PETSC_COMM_WORLD,&rank);CHKERRQ(ierr);
ierr = MPI_Comm_size(PETSC_COMM_WORLD,&size);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscOptionsGetInt(NULL,NULL,"-m",&m,NULL);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscOptionsGetInt(NULL,NULL,"-n",&n,NULL);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatCreateDense(PETSC_COMM_WORLD, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE, m, n, NULL, &A); CHKERRQ(ierr);
ierr = MatSetUp(A);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatGetOwnershipRange(A,&Istart,&Iend);CHKERRQ(ierr);
MatZeroEntries(A);
printf("rank: %d, istart: %d, iend: %d\n", rank, Istart, Iend);
ierr = MatAssemblyBegin(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatAssemblyEnd(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatSetOption(A,MAT_SYMMETRIC,PETSC_TRUE);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscViewerCreate(PETSC_COMM_WORLD,&viewer);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscViewerASCIIOpen(PETSC_COMM_WORLD, "out.txt", &viewer);
ierr = MatView(A, viewer); CHKERRQ(ierr);
ierr = MatDestroy(&A);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscViewerDestroy(&viewer);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscFinalize();
return ierr;
}
问题是,当 运行 在多个进程上时,程序突然挂在 MatView() 函数上,而不是写入 out.txt
文件。我在这里做错了什么?
奇怪的是,这是由 Lubuntu 18.10 的 MPI 包中的一些错误引起的。我一更新到 Lubuntu 19.04,问题就消失了。
提示: 在这种情况下总是尝试 运行 make check
。将自动构建和 运行 测试集,您无需大量手动反复试验即可观察 PETSc 行为。
我正在尝试在 PETSc 中创建和打印 MATDENSE 矩阵。我的 MWE 看起来像这样:
static char help[] = "";
#include <petscmat.h>
#include <petscviewer.h>
int main(int argc,char **args)
{
Mat A;
PetscInt Istart,Iend,m = 2,n = 2;
PetscErrorCode ierr;
PetscMPIInt rank,size;
PetscViewer viewer;
ierr = PetscInitialize(&argc,&args,(char*)0,help);if (ierr) return ierr;
ierr = MPI_Comm_rank(PETSC_COMM_WORLD,&rank);CHKERRQ(ierr);
ierr = MPI_Comm_size(PETSC_COMM_WORLD,&size);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscOptionsGetInt(NULL,NULL,"-m",&m,NULL);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscOptionsGetInt(NULL,NULL,"-n",&n,NULL);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatCreateDense(PETSC_COMM_WORLD, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE, m, n, NULL, &A); CHKERRQ(ierr);
ierr = MatSetUp(A);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatGetOwnershipRange(A,&Istart,&Iend);CHKERRQ(ierr);
MatZeroEntries(A);
printf("rank: %d, istart: %d, iend: %d\n", rank, Istart, Iend);
ierr = MatAssemblyBegin(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatAssemblyEnd(A,MAT_FINAL_ASSEMBLY);CHKERRQ(ierr);
ierr = MatSetOption(A,MAT_SYMMETRIC,PETSC_TRUE);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscViewerCreate(PETSC_COMM_WORLD,&viewer);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscViewerASCIIOpen(PETSC_COMM_WORLD, "out.txt", &viewer);
ierr = MatView(A, viewer); CHKERRQ(ierr);
ierr = MatDestroy(&A);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscViewerDestroy(&viewer);CHKERRQ(ierr);
ierr = PetscFinalize();
return ierr;
}
问题是,当 运行 在多个进程上时,程序突然挂在 MatView() 函数上,而不是写入 out.txt
文件。我在这里做错了什么?
奇怪的是,这是由 Lubuntu 18.10 的 MPI 包中的一些错误引起的。我一更新到 Lubuntu 19.04,问题就消失了。
提示: 在这种情况下总是尝试 运行 make check
。将自动构建和 运行 测试集,您无需大量手动反复试验即可观察 PETSc 行为。