从 matchPattern 中提取值

Question

我正在使用 Biostrings 包中的 matchPattern 函数来查找基因组中的特定序列。一旦找到，我想显示匹配实例之间的间距和频率分布。

例子：运行下面的代码

Match1 <- matchPattern(ResEnz, genome$chr1)
Match1

将return这个：

Views on a 248956422-letter DNAString subject
subject: NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
views:
            start       end width
    [1]     27974     27979     6 [GAATTC]
    [2]     29889     29894     6 [GAATTC]
    [3]     32212     32217     6 [GAATTC]
    [4]     36941     36946     6 [GAATTC]
    [5]     49920     49925     6 [GAATTC]
    ...       ...       ...   ... ...
[67137] 248927762 248927767     6 [GAATTC]
[67138] 248928956 248928961     6 [GAATTC]
[67139] 248929077 248929082     6 [GAATTC]
[67140] 248932486 248932491     6 [GAATTC]
[67141] 248941974 248941979     6 [GAATTC]

现在，我想使用此数据形成一个向量，该向量将在一个条目的终点和下一个条目的起点之间具有差异。（忽略第一个起点和最后一个终点）

即，对于 Match1

1910, 2318, 4724, 12974 .... 9483

生成的 Match1 对象是 XStringViews class，名称函数 returns NA，我目前对如何处理这个感到困惑。请帮忙

Answer 1

经过进一步调查，我发现函数 start(Match1) 和 end(Match1) 将生成包含感兴趣值的向量。我会把它留在这里以防其他人遇到同样的问题。

从 matchPattern 中提取值

Extracting values from matchPattern

r

genetics

bioconductor