"Unable to run a simple JNI program" 在 R 3.6 上为 ubuntu bionic beaver 安装 rJava 时出现错误消息

Question

我有一个非常普遍的问题，rJava 没有在 Ubuntu 上正确安装。此问题已在多个地方讨论 here, here, here，仅举几例。

基本问题是在安装 rJava 包时，会产生以下错误消息

configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.
Warning in system(cmd) : error in running command
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’

这个问题有多种密切相关的解决方案。他们中的大多数使用sudo R CMD javareconf为R配置Java（also a -e variant). Some suggest setting the JAVA_HOME path in the environment variables (others say not to). Others suggest uninstalling and re-installing R whilst others建议从cran安装rJava。有几个人推荐update alternatives。还有其他变体这些解决方案。

我已经尝试了以上所有方法的组合，但没有成功，所以很明显我做错了什么。

进入echo $JAVA_HOMEreturns

/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64

我的etc/environment看起来像这样

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$
MKL_THREADING_LAYER=GNU
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"

当我运行 R CMD javaconf时，它看起来像这样

Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/java
Java version     : 11.0.4
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

我做错了什么以及如何让 rJava 正确安装？

编辑：

使用 sudo apt-get install r-cran-rjava 成功安装 rJava 我知道出现以下错误

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Answer 1

我调查了原始发布者（我们在同一个地方工作），问题是在 OpenJDK11 中，他们移动了 JVM 所在的一些 .so 文件，特别是 libjvm.so 在 Ubuntu 包中现在在 /usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/.

这意味着即使您使用 apt install r-cran-rjava 安装 rJava 的 Ubuntu 包，当您尝试 library(rJava).

时它也会失败

解决方案是将 /usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/ 添加到您的 $LD_LIBRARY_PATH，方法是添加：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH

到您的 ~/.bashrc 结束并开始新的 shell（或 source ~/.bashrc）。

这是我们必须为 OpenJDK 的中央安装修复的问题，例如这里：https://github.com/UCL-RITS/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#L46

如果你想让它与从 Gnome 启动的 Rstudio 一起工作，你需要将该目录添加到 ldconfig。

作为 root（或使用 sudo）在 /etc/ld.so.conf.d/ 中创建一个文件，您应该使用 .conf 扩展名来调用它，例如java.conf 其中包含行：

/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server

然后作为 root 运行

ldconfig -v

这应该将目录添加到可执行文件通过 GNOME 搜索启动的位置。问题的这个特定部分（GNOME 忽略 bashrc 中的设置）至少从 9.04 (https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/).

开始就是 Ubuntu 中的一个问题。

"Unable to run a simple JNI program" 在 R 3.6 上为 ubuntu bionic beaver 安装 rJava 时出现错误消息

"Unable to run a simple JNI program" error message when installing rJava on R 3.6 for ubuntu bionic beaver

java

ubuntu

r

rjava

ubuntu-18.04