使用scipy.optimize时如何评估执行时间？

Question

我正在编写一个 python 脚本，该脚本利用 scipy.optimize 中的 minimize() 函数。该脚本工作正常，但速度相对较慢，我正在尝试弄清楚如何 (a) 弄清楚时间花在了哪里) 所以我可以 (b) 加快速度。

我当前的基准 "slow" 我有一个实体数据集，其中每个实体包含约 5000 个样本（即，我需要 minimize() 5000 times/entity。我有大约 2000 个实体. 我当前的运行时间在每个实体 35-45 秒之间变化，所以我正在查看总共运行时间 80k 秒（或 22.2 小时）。如果它只是一个就好了-关闭，但这是需要测试多个模型等的东西。所以我需要减少运行次。

脚本主要部分如下：

###Initializing Export Arrays
Vmin1 = np.array([])
Vmin2 = np.array([])
Vmin3 = np.array([])
Vmin4 = np.array([])
Vmin5 = np.array([])
Vmin6 = np.array([])
Vclay = np.array([])
Vker = np.array([])


###Initial Estimate
x0 = np.array([0.5, 0.1, 0.1, 0.0, 0.01, 0.07, 0.2, 0.02,])
bounds = ((0,1), (0,1), (0,1), (0,1), (0,1), (0,1), (0,1), (0,1)) 

C =np.array([[rhob_Vmin1, rhob_Vmin2, rhob_Vmin3, rhob_Vmin4, rhob_Vmin5, rhob_Vmin6, rhob_Vclay, rhob_Vker],
              [nphi_Vmin1, nphi_Vmin2, nphi_Vmin3, nphi_Vmin4, nphi_Vmin5, nphi_Vmin6, nphi_Vclay, nphi_Vker],
              [pe_Vmin1, pe_Vmin2, pe_Vmin3, pe_Vmin4, pe_Vmin5, pe_Vmin6, pe_Vclay, pe_Vker],
              [dt_Vmin1, dt_Vmin2, dt_Vmin3, dt_Vmin4, dt_Vmin5, dt_Vmin6, dt_Vclay, dt_Vker],
              [0,0,0,0,0,0,1,0],
              [0,0,0,0,0,0,0,1],
              [1,1,1,1,1,1,1,1]])


def mineral_inversion(x, L, C):
    L_pred = np.matmul(C, x)
    if not np.isnan(L[0][0]):
        I1 = (np.subtract(L[0][0], L_pred[0])/unc_rhob)**2
    else:
        I1=0
    if not np.isnan(L[0][1]):
        I2 = (np.subtract(L[0][1], L_pred[1])/unc_nphi)**2
    else:
        I2 = 0
    if not np.isnan(L[0][2]):
        I3 = (np.subtract(L[0][2], L_pred[2])/unc_pe)**2
    else:
        I3 = 0
    if not np.isnan(L[0][3]):
        I4 = (np.subtract(L[0][3], L_pred[3])/unc_dt)**2
    else:
        I4 = 0
    if not np.isnan(L[0][4]):
        I5 = (np.subtract(L[0][4], L_pred[4])/unc_vwcl)**2
    else:
        I5 = 0
    if not np.isnan(L[0][5]):
        I6 = (np.subtract(L[0][5], L_pred[5])/unc_vker)**2    
    else:
        I6 = 0
    I7 = ((1-x.sum())/unc_unity)**2

    incoherence = I1+I2+I3+I4+I5+I6+I7
    return incoherence   

from datetime import datetime
t0 = datetime.now()
vpor_init = np.float(0.1)

for dd in range(len(depth)):

    ###Log values used in mineral inversion + unity value
    L = np.array([[rhob[dd], nphi[dd], pe[dd], dt[dd], vwcl[dd], vkero[dd], 1]])

    res = minimize(fun = mineral_inversion, x0 = x0, args = (L, C), bounds=bounds, method='SLSQP')
    Vmin1 = np.append(Vmin1, res.x[0])
    Vmin2 = np.append(Vmin2, res.x[1])
    Vmin3 = np.append(Vmin3, res.x[2])
    Vmin4 = np.append(Vmin4, res.x[3])
    Vmin5 = np.append(Vmin5, res.x[4])
    Vmin6 = np.append(Vmin6, res.x[5])    
    Vclay = np.append(Vclay, res.x[6])
    Vker = np.append(Vker,   res.x[7])

t1 = datetime.now()
time = t1-t0
print('Run Time: ', time)

目前我在 for 循环级别记录运行时间。但是，这并没有告诉我瓶颈可能在哪里。是在mineral_inversion()函数的层面，还是在minimize()函数本身，等等

问题： (1) 我如何巧妙地记录执行时间以确定是否有可能加快速度？ (2) 如果这实际上是 'slow' 或者如果我只是不合理并且有很多样本需要迭代，那么什么是公平的陈述方式？ (3) 是否有明显的不良 practices/speed 陷阱？

Answer 1

trying to figure out how to (a) figure out where the time is being spent

使用标准库中的 pstats 模块进行函数级分析，使用 kernprof 进行行级分析。

在 jupyter 笔记本中，它是 %prun 和 %lprun 魔法。

使用scipy.optimize时如何评估执行时间？

How to evaluate execution time when using scipy.optimize?

python

numpy

scipy

scipy-optimize

scipy-optimize-minimize