将点过程模型强度预测转换为特定点的概率 spatstat
Converting point process model intensity predictions to probabilities at specific points spatstat
我正在处理一个与 spatstat 包中的 chorley 数据集类似的数据集，并且正在按照样书章节“空间点模式：R 的方法论和应用”中介绍的类似分析进行分析。https://book.spatstat.org/sample-chapters/chapter09.pdf
library(spatstat)
data("chorley")
X <- split(chorley)$larynx
D <- split(chorley)$lung
Q <- quadscheme.logi(X,D)
fit <- ppm(Q ~ x + y)
locations = data.frame(x=chorley$x, y=chorley$y)
pred <- predict(fit, locations = locations, type="intensity")
summary(pred)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
0.09059 0.15562 0.17855 0.18452 0.20199 0.33201
data.ppm(fit)
Planar point pattern: 58 points
window: polygonal boundary
enclosing rectangle: [343.45, 366.45] x [410.41, 431.79] km
Q
Quadrature scheme (logistic)
58 data points, 978 dummy points
Total weight 315.1553
我想知道为什么当运行模型上的data.ppm时，模型中似乎只包含阳性案例？
还有一条警告信息，“警告信息：
vcov 未针对虚拟类型“给定”实现 - 使用“泊松”公式”，它与我不知道如何解释的两个数据集（chorley 和我自己的）一起出现。
非常感谢任何帮助！
我们正在对空间风险进行建模。您在笛卡尔坐标中的对数线性风险很奇怪，但我想这只是一个例子。所以我们通常认为的拟合模型的强度实际上是相对风险。因此，预测 "intensity" 确实为我们提供了给定位置的预测风险（案例几率）。要将相对风险转化为概率，您可以这样做（从原始代码的中间继续）：
rr <- predict(fit, locations=unmark(chorley))
p <- rr/(1+rr)
警告与估计器的方差协方差矩阵的估计有关。这有点技术性，但本质上该方法假定您使用随机生成的虚拟点（本例中为肺癌病例），并且它需要知道是哪个点过程模型生成了这些点。由于您直接提供了这些，因此只是假设它们是从泊松点过程生成的。如果您的数据中有合理数量的控件，我不会太担心这部分。
我正在处理一个与 spatstat 包中的 chorley 数据集类似的数据集，并且正在按照样书章节“空间点模式：R 的方法论和应用”中介绍的类似分析进行分析。https://book.spatstat.org/sample-chapters/chapter09.pdf
library(spatstat)
data("chorley")
X <- split(chorley)$larynx
D <- split(chorley)$lung
Q <- quadscheme.logi(X,D)
fit <- ppm(Q ~ x + y)
locations = data.frame(x=chorley$x, y=chorley$y)
pred <- predict(fit, locations = locations, type="intensity")
summary(pred)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
0.09059 0.15562 0.17855 0.18452 0.20199 0.33201
data.ppm(fit)
Planar point pattern: 58 points
window: polygonal boundary
enclosing rectangle: [343.45, 366.45] x [410.41, 431.79] km
Q
Quadrature scheme (logistic)
58 data points, 978 dummy points
Total weight 315.1553
我想知道为什么当运行模型上的data.ppm时，模型中似乎只包含阳性案例？
还有一条警告信息，“警告信息： vcov 未针对虚拟类型“给定”实现 - 使用“泊松”公式”，它与我不知道如何解释的两个数据集（chorley 和我自己的）一起出现。
非常感谢任何帮助！
我们正在对空间风险进行建模。您在笛卡尔坐标中的对数线性风险很奇怪，但我想这只是一个例子。所以我们通常认为的拟合模型的强度实际上是相对风险。因此，预测 "intensity" 确实为我们提供了给定位置的预测风险（案例几率）。要将相对风险转化为概率，您可以这样做（从原始代码的中间继续）：
rr <- predict(fit, locations=unmark(chorley))
p <- rr/(1+rr)
警告与估计器的方差协方差矩阵的估计有关。这有点技术性，但本质上该方法假定您使用随机生成的虚拟点（本例中为肺癌病例），并且它需要知道是哪个点过程模型生成了这些点。由于您直接提供了这些，因此只是假设它们是从泊松点过程生成的。如果您的数据中有合理数量的控件，我不会太担心这部分。