在数字数据的字符串中嵌入 nul

Question

我正在使用 R 使用 fread 读取一个文件，该文件包含许多列和行。该文件如下所示：

1_17118 1_18353 1_21882 1_21955 1_22054
Ind0001  -1      -1      -1      -1
Ind0002  -1      -1      -1      -1
Ind0003  -1      -1      -1      -1
Ind0005  -1      -1      -1      -1
Ind0006  -1      -1      -1      -1

我是这样重制文件的：

M <- fread("file.txt")

我收到下一个错误：

Error in fread("file.txt") :
  embedded nul in string: '\xff\xff\xff[=12=]1[=12=][=12=]'
Execution halted

我看了另一个看起来很相似的文件，我以前没有遇到过这个问题。

我的专栏，除了 header 第一栏有 -1、1 和 0。我猜 -1、1 和 0 中应该有一个字符串，这是导致问题的原因.您知道我如何识别文件中的任何字符串吗？我用 grep 尝试了几种可能性。但我不确定如何查找任何字符串。你知道我怎么解决这个问题吗？

Answer 1

就我而言，fread 的问题是我的文件大小 (2.7G)。使用 R 版本 3.6.0，fread 无法读取整个文件。解决方案是将我的文件分成两个较小的文件。然后我执行了一个 rbind 来合并这两个文件，之后一切正常。

在数字数据的字符串中嵌入 nul

embedded nul in string in númeric data

linux

r

fread