在 R 包内的 window 上使用带有 Rcpp 函数的 doParallel

Question

我从这个 post 了解到，在 window 上使用带有 doParallel 的 Rcpp 函数的最简单方法是构建一个包。我目前正在构建一个 R 包，我需要并行化包中的一些任务。我有一个 Rcpp 函数和一个对 Rcpp 函数执行循环的 R 函数。这些功能将在我的包中。如何构造 R 函数？根据上面的 post，用 Rcpp 函数构建第一个包并在 R 函数的第二个包中调用这个包会更容易。有没有办法将这两个功能放在同一个包中？

Answer 1

是的，您可以在包中放入任意数量的函数。建议所有内容都在 R 包中的原因是，否则您将不得不在您旋转代码的每个线程或节点上编译代码。这是因为 Rcpp 函数是在本地编译的，只有线程特定的指针引用。特别是，请参阅以下内容中的讨论： .

示例包为：

https://github.com/r-pkg-examples/rcpp-and-doparallel

特别是，R 函数应该正确设置和拆除并行后端。

mean_parallel_compute = function(n, mean = 0, sd = 1,
                                 n_sim = 1000,
                                 n_cores = parallel::detectCores()) {

  # Construct cluster
  cl = parallel::makeCluster(n_cores)

  # After the function is run, close the cluster.
  on.exit(parallel::stopCluster(cl))

  # Register parallel backend
  doParallel::registerDoParallel(cl)

  # Compute estimates
  estimates = foreach::foreach(i = iterators::icount(n_sim), # Perform n simulations
                               .combine = "rbind",           # Combine results
                                                             # Self-load
                               .packages = "Rcpp2doParallel") %dopar% {
    random_data = rnorm(n, mean, sd)

    result = mean_rcpp(random_data) # or use Rcpp2doParallel::mean_rcpp()
    result
  }

  estimates
}

要通过 R CMD check 确保具有以下 roxygen2 导入标签：

#' @importFrom foreach %dopar% foreach
#' @importFrom iterators icount
#' @importFrom doParallel registerDoParallel

此外，请确保 DESCRIPTION 具有以下内容：

LinkingTo: 
    Rcpp
Imports: 
    doParallel,
    Rcpp,
    foreach,
    iterators,
    parallel

其他一些示例：

Using Rcpp within parallel code via snow to make a cluster

在 R 包内的 window 上使用带有 Rcpp 函数的 doParallel

Use doParallel with Rcpp function on window inside an R package

r

rcpp

r-package

doparallel

parallel-foreach