将 R 中的现有数据转换为 Phyloseq OTU table

Question

我一直在尝试 "phyloseq-ize" 我的 asv_table、asv_id 和用于 16S 分析的元数据，使用 qiime2 创建并使用 read.table() 上传到 R。我已经能够成功导入我的 asv_id 和元数据（分别使用 tax_table() 和 sample_data()），但我正在努力处理我的 asv_table。

我的 asv_table 的结构是一个包含我的分类群的 header 的数据框，我的行是样本（我也尝试过使用转置数据，其中我的分类群是行，我的样本是列）。我最初的尝试很简单：

ps <- phyloseq(otu_table(asv_table, taxa_are_rows = FALSE))

然而这产生了：

Error in validObject(.Object) : invalid class “otu_table” object: 
 Non-numeric matrix provided as OTU table.
Abundance is expected to be numeric.

这导致我尝试将数据的 class 更改为数字，然后再次尝试导入：

asv_table_num <- data.matrix(asv_table, rownames.force = NA)

ps <- phyloseq(otu_table(otumat_num, taxa_are_rows = FALSE))

Error in validObject(.Object) : invalid class “phyloseq” object: 
 Component taxa/OTU names do not match.
 Taxa indices are critical to analysis.
 Try taxa_names()

我担心这会陷入困境，因为一个更简单的解决方案让我眼前一亮（我很难在互联网上研究我的问题...通常表明我创建了一个独特的问题没有人遇到过）。

我将不胜感激关于该主题的任何指导或帮助！

提前致谢。

Answer 1

我最终能够解决我的问题，所以我将 post 我的解决方案供可能遇到相同问题的任何人使用。

library(tidyverse)
devtools::install_github("jbisanz/qiime2R")
library(qiime2R)

asv_table <- read_qza("table.qza")

library(phyloseq)

ps <- qza_to_phyloseq(features = "table.qza")

将 R 中的现有数据转换为 Phyloseq OTU table

Converting existing data in R into Phyloseq OTU table

r

dataframe

import

phyloseq