Singularity-Container + Python + PyTorch：为什么 'import torch' 在 Arch Linux 主机上工作但在 Centos 7 主机上失败？

Question

我正在尝试构建一个奇点容器，以在基于 CentOS 7 的集群上运行一个 Python 脚本。容器运行在我的主机上符合预期，我也用它来创建容器，但是一旦导入 PyTorch 就在集群上失败。

可以使用这个最小定义文件的容器构建重现该问题：

debug.def:

Bootstrap: arch

%runscript
    exec /usr/bin/python3 -c 'import torch; print(torch.__version__)'

%post
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Basic setup from
    # https://github.com/sylabs/singularity/blob/master/examples/arch/Singularity
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Set time zone. Use whatever you prefer instead of UTC.
    ln -s /usr/share/zoneinfo/Europe/Berlin /etc/localtime

    # Set the package mirror server(s). This is only for the output image's
    # mirrorlist. `pacstrap' can only use your hosts's package mirrors.
    echo 'Server = https://mirrors.kernel.org/archlinux/$repo/os/$arch' > /etc/pacman.d/mirrorlist

    pacman -Sy --noconfirm gawk sed grep

    # Set locale. Use whatever you prefer instead of en_US.
    echo 'en_US.UTF-8 UTF-8' > /etc/locale.gen
    locale-gen
    echo 'LANG=en_US.UTF-8' > /etc/locale.conf

    pacman -S --noconfirm python python-pytorch

    pacman -S --noconfirm pacman-contrib
    paccache -r -k0

它是用 sudo singularity build debug.sif debug.def 构建的。 Arch Linux 上的容器和我的主机运行。

在我的主机上执行容器输出 PyTorch 版本：

schellsn@host $ singularity run debug.sif
1.3.1

运行它在集群上导致以下错误：

schellsn@cluster tmp$ singularity run debug.sif
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python3.8/site-packages/torch/__init__.py", line 81, in <module>
    from torch._C import *
ImportError: libQt5Core.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

我不明白为什么找不到文件，因为它应该包含在容器中：

schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> ls -l /usr/lib | grep libQt5Core
-rw-r--r--  1 root root      1166 Nov 11 23:40 libQt5Core.prl
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5 -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13 -> libQt5Core.so.5.13.2
-rwxr-xr-x  1 root root   5275240 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13.2

我假设导入时搜索中不包含相应的路径，并且我的主机上不会出现此问题，因为某些环境设置正在泄漏到容器中。我也尝试使用 Sylabs Remote Builder，但它似乎无法构建 Arch 容器（pacstrap 在 $PATH 中找不到）。尝试在其中一个节点上构建容器会导致同样的问题； Pacstrap 和 pacman 不可用。

我束手无策，非常感谢任何提示来解释这种行为！为什么找不到共享库，如何解决？

更新#1：

这里是LD_LIBRARY_PATH环境变量的内容（回应@tsnowlan）

Arch Linux 主持人：

schellsn@host tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64
schellsn@host tmp$ singularity shell evpt_debug.sif
Singularity evpt_debug.sif: ~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/.singularity.d/libs

CentOS 7 集群节点：

schellsn@cluster tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
/.singularity.d/libs

更新#2：

我确实设置了一个新的干净 VM（也是运行ning arch），它也在那里重建了容器。这个容器显示了同样的问题；它运行在我的主机上，但不在 CentOS 7 集群上。

Answer 1

作为解决方法，我现在从一个 def 文件构建容器，该文件使用库 bootstrap 代理和 Ubuntu 18.04 图像而不是 Arch bootstrap 代理。生成的容器在我的 Arch 主机和 CentOS 7 集群上运行。

Answer 2

我遇到了同样的问题：CentOS 7 主机和 Arch Linux 容器 (Python 3.8.1 / Pytorch 1.3.1)。以下 link 似乎暂时解决了我的问题。

https://superuser.com/questions/1347723/arch-on-wsl-libqt5core-so-5-not-found-despite-being-installed

编辑：从 link 开始，这个命令对我有用

sudo strip --remove-section=.note.ABI-tag /usr/lib64/libQt5Core.so.5

Singularity-Container + Python + PyTorch：为什么 'import torch' 在 Arch Linux 主机上工作但在 Centos 7 主机上失败？

Singularity-Container + Python + PyTorch: Why does 'import torch' work on Arch Linux host but fails on Centos 7 host?

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