如何将 Phylo 树保存到文件？
How to save Phylo tree to file?
我正在努力将 Phylo 树保存到文件中。它显示在 Jupyter Notebook 中，但文件是空白的。
我查阅了大量文档并在 Google 上搜索了很多...如何将树打印到文件中？
# Read in alignment
aln = AlignIO.read("v4.fna", "fasta")
# Calculate the distance matrix
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(aln)
# Visualize neighbor joined tree
constructor = DistanceTreeConstructor()
tree = constructor.nj(dm)
fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)
axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label)
plt.show()
plt.savefig('v4.png')
使用plt.show()将无法保存。
我在文档中找不到对此的具体解释。
在 plt.show() 之前先尝试 plt.savefig('v4.png')。
只需在 Phylo.draw 调用中为 do_show 指定 False。
Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label, do_show=False)
我也记下了plt.show()。
我正在努力将 Phylo 树保存到文件中。它显示在 Jupyter Notebook 中，但文件是空白的。
我查阅了大量文档并在 Google 上搜索了很多...如何将树打印到文件中？
# Read in alignment
aln = AlignIO.read("v4.fna", "fasta")
# Calculate the distance matrix
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(aln)
# Visualize neighbor joined tree
constructor = DistanceTreeConstructor()
tree = constructor.nj(dm)
fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)
axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label)
plt.show()
plt.savefig('v4.png')
使用plt.show()将无法保存。
我在文档中找不到对此的具体解释。
在 plt.show() 之前先尝试 plt.savefig('v4.png')。
只需在 Phylo.draw 调用中为 do_show 指定 False。
Phylo.draw(tree, axes=axes, label_func=get_label, do_show=False)
我也记下了plt.show()。