无法打开库 '/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libsqora.so.11.1'

Question

背景:
我将闪亮的应用程序部署到 Linux Ubuntu 16.04 上的闪亮服务器。我的应用程序需要连接到 Oracle DB，所以我使用 ODBC 从我的 Ubuntu 服务器访问。

问题:
当我在浏览器中打开我的应用程序时，它显示 "Disconnected from the server"

所以我检查了我的日志文件 /var/log/shiny-server/*.log。错误信息显示如下：

Warning: Error in : nanodbc/nanodbc.cpp:950: 01000: [unixODBC][Driver Manager]Can't open lib '/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libsqora.so.11.1' : file not found 58: Anonymous

Execution halted

信息
我不知道它是怎么出错的，所以我尝试列出错误的相关信息。如果我可以提供其他线索，请告诉我，以便您更轻松地帮助我。

以下是我在我的应用程序中连接到 oracle db 的方式

# ui.r
library(shiny)
shinyUI(
     absolutePanel(
       tableOutput( "table" )  
    )   
)

# server.r
library(shiny)
library(DBI)
library(odbc)
con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),
                      "MES_CY" ,    # data source name
                      UID = "xxx",
                      PWD = "xxx"
)

shinyServer(function(input, output) {
  output$table <- renderTable(
    dbGetQuery(con,'
      select  * from MyTable
    ') 
  )
})

由于该应用程序在本地运行良好，我怀疑我的服务器可能无法连接到数据库。

因此，我在闪亮的服务器中采用相同的代码使用 R 连接到数据库

con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),
                      "MES_CY" ,   #  my data source name
                      UID = "xxx",
                      PWD = "xxx"
)
dbGetQuery(con,'
    select  * from MyTable
')

它有效，我可以获取我的数据。

然后我检查是否可以使用 isql 访问 oracle，没问题，我可以从我的数据库中查询数据。

chaosheng@Shiny-Srv:~$ isql -v MES_CY
+---------------------------------------+
| Connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+
SQL>

我还检查是否所有依赖项都使用 ldd /usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libsqora.so.11.1

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffe103d1000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f832bdcc000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f832bac3000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f832b8a6000)
libnsl.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libnsl.so.1 (0x00007f832b68c000)
libclntsh.so.11.1 => /usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libclntsh.so.11.1 (0x00007f8328d1d000)
libodbcinst.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libodbcinst.so.1 (0x00007f8328b0b000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f8328740000)
             /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000556d2817c000)
libnnz11.so => /usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libnnz11.so (0x00007f8328373000)
libaio.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libaio.so.1 (0x00007f8328171000)
libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007f8327f66000)

下面是我对odbcinst.ini和odbc.ini

的配置

#odbcinst.ini
[Oracle 11g ODBC driver]
Description     = Oracle ODBC driver for Oracle 11g
Driver          = /usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libsqora.so.11.1
Setup           =
FileUsage       =
CPTimeout       =
CPReuse         =
Driver Logging  = 7

#odbc.ini
Description = OracleSQL
Driver = Oracle 11g ODBC driver
Trace = No
TraceFile = /tmp/oracleodbc.log
Database = MES_PROD
Servername = MES
UserID = xxx
Password = xxx
Port = 1521
ReadOnly = No

以下是我在$HOME/.bashrc

中设置的环境变量

export ORACLE_HOME=/usr/lib/oracle/11.2/client64
export PATH=$ORACLE_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$ORACLE_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export TNS_ADMIN=$ORACLE_HOME/network/admin:$TNS_ADMIN

这是我当前的环境

XDG_SESSION_ID=1707
TERM=xterm
SHELL=/bin/bash
SSH_CLIENT=xx.xxx.xx.xx xxxxx xx
OLDPWD=/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib
SSH_TTY=/dev/pts/0
USER=chaosheng
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib:/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib:
TNS_ADMIN=/usr/lib/oracle/11.2/client64/network/admin:
MAIL=/var/mail/chaosheng
PATH=/usr/lib/oracle/11.2/client64/bin:/home/chaosheng/bin:/home/chaosheng/.local/bin:/usr/lib/oracle/11.2/client64/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/oracle/11.2/client64/bin
PWD=/home/chaosheng
LANG=en_HK.UTF-8
SHLVL=1
HOME=/home/chaosheng
LANGUAGE=en_HK:en
LOGNAME=chaosheng
SSH_CONNECTION=xx.xxx.xx.xx xxxxx xx.xxx.xx.xx xx
LESSOPEN=| /usr/bin/lesspipe %s
XDG_RUNTIME_DIR=/run/user/1000
ORACLE_HOME=/usr/lib/oracle/11.2/client64
LESSCLOSE=/usr/bin/lesspipe %s %s
_=/usr/bin/env

Answer 1

正如一些社区成员所建议的，我的问题与这个问题非常相似：。

尽管这两个问题的原因几乎相同，但解决方案可能略有不同。
因此，我仍然post我是如何解决我的问题的。

首先，我在配置文件中犯了一些设置错误。

首先，我需要在 $HOME/.profile ( /home/MyName/.profile )
中设置我的环境变量尽管如此，我只在 $HOME/.bashrc ( /home/MyName/.bashrc )

中设置了这些

其次，我一开始使用/etc/shiny-server/shiny-server.conf中的默认设置。

run_as shiny; 
preserve_logs true;
server {
  listen 3838;

  location / { 
    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
  }
}

显然，上面的设置并没有起作用。

由于我将环境变量的设置放在 /home/MyName/.profile 中，我需要指定 run_as MyName 以便 R 进程可以使用 /home/MyName/.profile 中定义的任何环境变量。

preserve_logs true;
server {
  listen 3838;

  location / {
    run_as MyName; 
    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
  }
}

我对linux系统的了解极其有限。

以上也许不是问题的全貌，只是解决了问题。

无法打开库 '/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libsqora.so.11.1'

Can't open lib '/usr/lib/oracle/11.2/client64/lib/libsqora.so.11.1'

linux

oracle

unixodbc

shiny

shiny-server