使用 R 和 ggplot 将 y 轴调整为 2x2 ANOVA 条形图的问题
Problems adapting the y-axis to 2x2 ANOVA bargraph using R and ggplot
我不是 Pro R 用户，但我已经尝试了多种方法，但找不到问题的解决方案。
我根据这个网站为 2x2 方差分析创建了一个条形图，包括误差条、APA 主题和自定义颜色：https://sakaluk.wordpress.com/2015/08/27/6-make-it-pretty-plotting-2-way-interactions-with-ggplot2/
它工作得很好，但 y 轴从 0 开始，尽管我的比例范围仅为 1 - 7。我正在尝试调整轴，但出现奇怪的错误。
这就是我所做的：
# see https://sakaluk.wordpress.com/2015/08/27/6-make-it-pretty-plotting-2-way-interactions-with-ggplot2/
interactionMeans(anova.2)
plot(interactionMeans(anova.2))
#using ggplot
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
# create factors with value
GIFTSTUDY1DATA$PRICE <- ifelse (Scenario == 3 | Scenario == 4, 1, -1 )
table(GIFTSTUDY1DATA$PRICE)
GIFTSTUDY1DATA$PRICE <- factor(GIFTSTUDY1DATA$PRICE, levels = c(-1, +1),
labels = c("2 expensive", "1 inexpensive"))
GIFTSTUDY1DATA$AFFECT <- ifelse (Scenario == 1 | Scenario == 3, -1, +1 )
table(GIFTSTUDY1DATA$AFFECT)
GIFTSTUDY1DATA$AFFECT <- factor(GIFTSTUDY1DATA$AFFECT,
levels = c(-1,1),
labels = c("poor", "rich"))
# get descriptives
dat2 <- describeBy(EVALUATION,list(GIFTSTUDY1DATA$PRICE,GIFTSTUDY1DATA$AFFECT),
mat=TRUE,digits=2)
dat2
names(dat2)[names(dat2) == 'group1'] = 'Price'
names(dat2)[names(dat2) == 'group2'] = 'Affect'
dat2$se = dat2$sd/sqrt(dat2$n)
# error bars +/- 1 SE
limits = aes(ymax = mean + se, ymin=mean - se)
dodge = position_dodge(width=0.9)
# set layout
apatheme=theme_light()+
theme(panel.grid.major=element_blank(),
panel.grid.minor=element_blank(),
panel.border=element_blank(),
axis.line=element_line(),
text=element_text(family='Arial'))
#plot
p=ggplot(dat2, aes(x = Affect, y = mean, fill = Price))+
geom_bar(stat='identity', position=dodge)+
geom_errorbar(limits, position=dodge, width=0.15)+
apatheme+
ylab('mean gift evaluatoin')+
scale_fill_manual(values=c("yellowgreen","skyblue4"))
p
这给了我这个数字：
https://i.stack.imgur.com/MwdVo.png
现在，如果我尝试使用 ylim 或 scale_y_continous
更改 y 轴
p + ylim(1,7)
p + scale_y_continuous(limits = c(1,7))
我得到了一个带有 y 轴的图表，但没有条形图和一条错误消息，指出
Removed 4 rows containing missing values (geom_bar).
https://i.stack.imgur.com/p66H8.png
使用
p + expand_limits(y=c(1,7))
p
更改 y 轴的上端但仍包括零！
我做错了什么？我是否必须在不使用 geom_bar 的情况下重新开始？
提前致谢。
我遇到了类似的问题，通过替换解决了
scale_y_continuous(limits = c() 与
coord_cartesian(ylim = c())
我想这可能对你有用。
这是一个例子：
library(tidyverse)
ggplot(mtcars,aes(factor(am),hp)) +
geom_bar(stat = "identity") +
coord_cartesian(ylim = c(1000,3000))
另见 link：
Google R Discussion
虽然 Magnus Nordmo 的回答很有帮助，但我想补充一下 ggplot2 如此表现的原因。
考虑以下情节（友情提示，geom_col() 是 shorthand for geom_bar(stat = "identity")）：
df <- data.frame(x = letters[1:7],
y = 1:7)
g <- ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col()
g
您可以清楚地看到条形看起来像矩形。检查底层绘图数据，确认条形图被参数化为具有 xmin/xmax/ymin/ymax 参数化的矩形：
> layer_data(g)
x y PANEL group ymin ymax xmin xmax colour fill size linetype alpha
1 1 1 1 1 0 1 0.55 1.45 NA grey35 0.5 1 NA
2 2 2 1 2 0 2 1.55 2.45 NA grey35 0.5 1 NA
3 3 3 1 3 0 3 2.55 3.45 NA grey35 0.5 1 NA
4 4 4 1 4 0 4 3.55 4.45 NA grey35 0.5 1 NA
5 5 5 1 5 0 5 4.55 5.45 NA grey35 0.5 1 NA
6 6 6 1 6 0 6 5.55 6.45 NA grey35 0.5 1 NA
7 7 7 1 7 0 7 6.55 7.45 NA grey35 0.5 1 NA
现在考虑以下情节：
g2 <- ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
scale_y_continuous(limits = c(1, 7))
这个是空的，反映了您发布的案例。检查基础数据会产生以下结果：
> layer_data(g2)
y x PANEL group ymin ymax xmin xmax colour fill size linetype alpha
1 1 1 1 1 NA 1 0.55 1.45 NA grey35 0.5 1 NA
2 2 2 1 2 NA 2 1.55 2.45 NA grey35 0.5 1 NA
3 3 3 1 3 NA 3 2.55 3.45 NA grey35 0.5 1 NA
4 4 4 1 4 NA 4 3.55 4.45 NA grey35 0.5 1 NA
5 5 5 1 5 NA 5 4.55 5.45 NA grey35 0.5 1 NA
6 6 6 1 6 NA 6 5.55 6.45 NA grey35 0.5 1 NA
7 7 7 1 7 NA 7 6.55 7.45 NA grey35 0.5 1 NA
您可以看到 ymin 列已被 NA 替换。此行为取决于 scale_y_continuous() 的 oob（越界）参数，默认为 scales::censor() 函数。此检查器（替换为 NA）任何超出轴限制的值，其中包括 0，它应该是 ymin 列。结果，无法绘制矩形。
有两种方法可以解决这个问题。一位候选人确实如 Magnus 建议的那样在 coord_cartesian() 函数中使用 ylim 参数：
ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
coord_cartesian(ylim = c(1, 7))
在 coord_* 函数内指定限制会导致图形对象被剪裁。当您关闭剪辑时，您可以看到这个效果：
ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
coord_cartesian(ylim = c(1, 7), clip = "off")
另一种选择是在 scale_y_continuous 中使用另一个 oob 参数，例如 scales::squish:
g3 <- ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
scale_y_continuous(limits = c(1, 7),
oob = scales::squish)
g3
它的作用是用最近的限制替换任何超出限制的值，例如0 的 ymin 变为 1:
> layer_data(g3)
y x PANEL group ymin ymax xmin xmax colour fill size linetype alpha
1 1 1 1 1 1 1 0.55 1.45 NA grey35 0.5 1 NA
2 2 2 1 2 1 2 1.55 2.45 NA grey35 0.5 1 NA
3 3 3 1 3 1 3 2.55 3.45 NA grey35 0.5 1 NA
4 4 4 1 4 1 4 3.55 4.45 NA grey35 0.5 1 NA
5 5 5 1 5 1 5 4.55 5.45 NA grey35 0.5 1 NA
6 6 6 1 6 1 6 5.55 6.45 NA grey35 0.5 1 NA
7 7 7 1 7 1 7 6.55 7.45 NA grey35 0.5 1 NA
您可以做的另一件事是为 oob 参数提供一个自定义函数，即 returns 它的输入。由于默认情况下，剪裁处于打开状态，这反映了 coord_cartesian(ylim = c(1,7)) 情况：
ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
scale_y_continuous(limits = c(1, 7),
oob = function(x, ...){x})
我希望这能澄清这里发生的事情。
我不是 Pro R 用户，但我已经尝试了多种方法，但找不到问题的解决方案。
我根据这个网站为 2x2 方差分析创建了一个条形图，包括误差条、APA 主题和自定义颜色：https://sakaluk.wordpress.com/2015/08/27/6-make-it-pretty-plotting-2-way-interactions-with-ggplot2/ 它工作得很好，但 y 轴从 0 开始，尽管我的比例范围仅为 1 - 7。我正在尝试调整轴，但出现奇怪的错误。
这就是我所做的：
# see https://sakaluk.wordpress.com/2015/08/27/6-make-it-pretty-plotting-2-way-interactions-with-ggplot2/
interactionMeans(anova.2)
plot(interactionMeans(anova.2))
#using ggplot
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
# create factors with value
GIFTSTUDY1DATA$PRICE <- ifelse (Scenario == 3 | Scenario == 4, 1, -1 )
table(GIFTSTUDY1DATA$PRICE)
GIFTSTUDY1DATA$PRICE <- factor(GIFTSTUDY1DATA$PRICE, levels = c(-1, +1),
labels = c("2 expensive", "1 inexpensive"))
GIFTSTUDY1DATA$AFFECT <- ifelse (Scenario == 1 | Scenario == 3, -1, +1 )
table(GIFTSTUDY1DATA$AFFECT)
GIFTSTUDY1DATA$AFFECT <- factor(GIFTSTUDY1DATA$AFFECT,
levels = c(-1,1),
labels = c("poor", "rich"))
# get descriptives
dat2 <- describeBy(EVALUATION,list(GIFTSTUDY1DATA$PRICE,GIFTSTUDY1DATA$AFFECT),
mat=TRUE,digits=2)
dat2
names(dat2)[names(dat2) == 'group1'] = 'Price'
names(dat2)[names(dat2) == 'group2'] = 'Affect'
dat2$se = dat2$sd/sqrt(dat2$n)
# error bars +/- 1 SE
limits = aes(ymax = mean + se, ymin=mean - se)
dodge = position_dodge(width=0.9)
# set layout
apatheme=theme_light()+
theme(panel.grid.major=element_blank(),
panel.grid.minor=element_blank(),
panel.border=element_blank(),
axis.line=element_line(),
text=element_text(family='Arial'))
#plot
p=ggplot(dat2, aes(x = Affect, y = mean, fill = Price))+
geom_bar(stat='identity', position=dodge)+
geom_errorbar(limits, position=dodge, width=0.15)+
apatheme+
ylab('mean gift evaluatoin')+
scale_fill_manual(values=c("yellowgreen","skyblue4"))
p
这给了我这个数字：
https://i.stack.imgur.com/MwdVo.png
现在，如果我尝试使用 ylim 或 scale_y_continous
更改 y 轴p + ylim(1,7)
p + scale_y_continuous(limits = c(1,7))
我得到了一个带有 y 轴的图表，但没有条形图和一条错误消息，指出
Removed 4 rows containing missing values (geom_bar).
https://i.stack.imgur.com/p66H8.png
使用
p + expand_limits(y=c(1,7))
p
更改 y 轴的上端但仍包括零！
我做错了什么？我是否必须在不使用 geom_bar 的情况下重新开始？ 提前致谢。
我遇到了类似的问题，通过替换解决了
scale_y_continuous(limits = c() 与
coord_cartesian(ylim = c())
我想这可能对你有用。
这是一个例子：
library(tidyverse)
ggplot(mtcars,aes(factor(am),hp)) +
geom_bar(stat = "identity") +
coord_cartesian(ylim = c(1000,3000))
另见 link： Google R Discussion
虽然 Magnus Nordmo 的回答很有帮助，但我想补充一下 ggplot2 如此表现的原因。
考虑以下情节（友情提示，geom_col() 是 shorthand for geom_bar(stat = "identity")）：
df <- data.frame(x = letters[1:7],
y = 1:7)
g <- ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col()
g
您可以清楚地看到条形看起来像矩形。检查底层绘图数据，确认条形图被参数化为具有 xmin/xmax/ymin/ymax 参数化的矩形：
> layer_data(g)
x y PANEL group ymin ymax xmin xmax colour fill size linetype alpha
1 1 1 1 1 0 1 0.55 1.45 NA grey35 0.5 1 NA
2 2 2 1 2 0 2 1.55 2.45 NA grey35 0.5 1 NA
3 3 3 1 3 0 3 2.55 3.45 NA grey35 0.5 1 NA
4 4 4 1 4 0 4 3.55 4.45 NA grey35 0.5 1 NA
5 5 5 1 5 0 5 4.55 5.45 NA grey35 0.5 1 NA
6 6 6 1 6 0 6 5.55 6.45 NA grey35 0.5 1 NA
7 7 7 1 7 0 7 6.55 7.45 NA grey35 0.5 1 NA
现在考虑以下情节：
g2 <- ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
scale_y_continuous(limits = c(1, 7))
这个是空的，反映了您发布的案例。检查基础数据会产生以下结果：
> layer_data(g2)
y x PANEL group ymin ymax xmin xmax colour fill size linetype alpha
1 1 1 1 1 NA 1 0.55 1.45 NA grey35 0.5 1 NA
2 2 2 1 2 NA 2 1.55 2.45 NA grey35 0.5 1 NA
3 3 3 1 3 NA 3 2.55 3.45 NA grey35 0.5 1 NA
4 4 4 1 4 NA 4 3.55 4.45 NA grey35 0.5 1 NA
5 5 5 1 5 NA 5 4.55 5.45 NA grey35 0.5 1 NA
6 6 6 1 6 NA 6 5.55 6.45 NA grey35 0.5 1 NA
7 7 7 1 7 NA 7 6.55 7.45 NA grey35 0.5 1 NA
您可以看到 ymin 列已被 NA 替换。此行为取决于 scale_y_continuous() 的 oob（越界）参数，默认为 scales::censor() 函数。此检查器（替换为 NA）任何超出轴限制的值，其中包括 0，它应该是 ymin 列。结果，无法绘制矩形。
有两种方法可以解决这个问题。一位候选人确实如 Magnus 建议的那样在 coord_cartesian() 函数中使用 ylim 参数：
ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
coord_cartesian(ylim = c(1, 7))
在 coord_* 函数内指定限制会导致图形对象被剪裁。当您关闭剪辑时，您可以看到这个效果：
ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
coord_cartesian(ylim = c(1, 7), clip = "off")
另一种选择是在 scale_y_continuous 中使用另一个 oob 参数，例如 scales::squish:
g3 <- ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
scale_y_continuous(limits = c(1, 7),
oob = scales::squish)
g3
它的作用是用最近的限制替换任何超出限制的值，例如0 的 ymin 变为 1:
> layer_data(g3)
y x PANEL group ymin ymax xmin xmax colour fill size linetype alpha
1 1 1 1 1 1 1 0.55 1.45 NA grey35 0.5 1 NA
2 2 2 1 2 1 2 1.55 2.45 NA grey35 0.5 1 NA
3 3 3 1 3 1 3 2.55 3.45 NA grey35 0.5 1 NA
4 4 4 1 4 1 4 3.55 4.45 NA grey35 0.5 1 NA
5 5 5 1 5 1 5 4.55 5.45 NA grey35 0.5 1 NA
6 6 6 1 6 1 6 5.55 6.45 NA grey35 0.5 1 NA
7 7 7 1 7 1 7 6.55 7.45 NA grey35 0.5 1 NA
您可以做的另一件事是为 oob 参数提供一个自定义函数，即 returns 它的输入。由于默认情况下，剪裁处于打开状态，这反映了 coord_cartesian(ylim = c(1,7)) 情况：
ggplot(df, aes(x, y)) +
geom_col() +
scale_y_continuous(limits = c(1, 7),
oob = function(x, ...){x})
我希望这能澄清这里发生的事情。