解析 Python 中的 .pdb 文件并为特定记录类型创建字典
Parsing a .pdb file in Python and creating a dictionary for specific record types
首先，让我先声明，我这样做是作为一个 Python 练习，我 不允许使用 Biopython。
我正在编写一个脚本来帮助我解析从轨迹生成的任何 .pdb 文件。我正在尝试创建一个字典，它将 link chain 变量 与 resNumber 变量 。虽然我解决了只有 2 个链的特定 .pdb 文件的问题，但我想让这个脚本适用于任何 .pdb 文件，无论链的数量如何。这是我写的：
import sys
pdbTraj = open('md20_aligned_3frames.pdb', 'r')
pdbTraj_line = pdbTraj.readlines()
newFile = open('newfile.txt', 'w')
pdbDict = {}
resNumberList1 = []
resNumberList2 = []
chainTry = "A"
for line in pdbTraj_line:
if line.startswith(("ATOM" or "HETATM")):
atomType = line[0:6]
atomSerialNumber = line[6:11]
atomName = line[12:16]
resName = line[17:20]
chain = line[21]
resNumber = line[22:26]
coorX = line[30:38]
coorY = line[38:46]
coorZ = line[46:54]
occupancy = line[54:60]
temperatureFact = line[60:66]
segmentIdentifier = line[72:76]
elementSymbol = line[76:78]
if chain == chainTry:
resNumberList1.append(resNumber)
pdbDict[chain] = list(dict.fromkeys(resNumberList1))
else:
resNumberList2.append(resNumber)
pdbDict[chain] = list(dict.fromkeys(resNumberList2))
print(pdbDict)
这是我得到的结果：
{'A': [' 1', ' 2', ' 3', ' 4', ' 5', ' 6', ' 7', ' 8', ' 9', ' 10', ' 11', ' 12', ' 13', ' 14', ' 15', ' 16', ' 17'], 'B': [' 19', ' 20', ' 21', ' 22', ' 23', ' 24', ' 25', ' 26', ' 27', ' 28', ' 29', ' 30', ' 31', ' 32', ' 33', ' 34', ' 35', ' 36', ' 37', ' 38', ' 39', ' 40', ' 41', ' 42', ' 43', ' 44', ' 45', ' 46', ' 47', ' 48', ' 49', ' 50', ' 51', ' 52', ' 53', ' 54', ' 55', ' 56', ' 57', ' 58', ' 59', ' 60', ' 61', ' 62', ' 63', ' 64', ' 65', ' 66', ' 67', ' 68', ' 69', ' 70', ' 71', ' 72', ' 73', ' 74', ' 75', ' 76', ' 77', ' 78', ' 79', ' 80', ' 81', ' 82', ' 83', ' 84', ' 85', ' 86', ' 87', ' 88', ' 89', ' 90', ' 91', ' 92', ' 93', ' 94', ' 95', ' 96', ' 97', ' 98', ' 99', ' 100', ' 101', ' 102', ' 103', ' 104', ' 105', ' 106', ' 107', ' 108', ' 109', ' 110', ' 111', ' 112', ' 113', ' 114', ' 115', ' 116', ' 117', ' 118', ' 119', ' 120', ' 121', ' 122', ' 123', ' 124', ' 125', ' 126', ' 127', ' 128', ' 129', ' 130', ' 131', ' 132', ' 133', ' 134', ' 135', ' 136', ' 137', ' 138', ' 139', ' 140', ' 141', ' 142', ' 143', ' 144', ' 145', ' 146', ' 147', ' 148', ' 149', ' 150', ' 151', ' 152', ' 153', ' 154', ' 155', ' 156', ' 157', ' 158', ' 159', ' 160', ' 161', ' 162', ' 163', ' 164', ' 165', ' 166', ' 167', ' 168', ' 169', ' 170', ' 171', ' 172', ' 173', ' 174', ' 175', ' 176', ' 177', ' 178', ' 179', ' 180', ' 181', ' 182', ' 183', ' 184', ' 185', ' 186', ' 187', ' 188', ' 189', ' 190', ' 191', ' 192', ' 193', ' 194', ' 195', ' 196', ' 197', ' 198', ' 199', ' 200', ' 201', ' 202', ' 203', ' 204', ' 205', ' 206', ' 207', ' 208', ' 209', ' 210', ' 211', ' 212', ' 213', ' 214', ' 215', ' 216', ' 217', ' 218', ' 219', ' 220', ' 221', ' 222', ' 223', ' 224', ' 225', ' 226', ' 227', ' 228', ' 229', ' 230', ' 231', ' 232', ' 233', ' 234', ' 235', ' 236', ' 237', ' 238', ' 239', ' 240', ' 241', ' 242', ' 243', ' 244', ' 245', ' 246', ' 247', ' 248', ' 249', ' 250', ' 251', ' 252', ' 253', ' 254', ' 255', ' 256', ' 257', ' 258', ' 259', ' 260', ' 261', ' 262', ' 263', ' 264', ' 265', ' 266', ' 267', ' 268', ' 269', ' 270', ' 271', ' 272', ' 273', ' 274', ' 275', ' 276', ' 277', ' 278', ' 279', ' 280', ' 281', ' 282', ' 283', ' 284', ' 285', ' 286', ' 287', ' 288', ' 289', ' 290', ' 291', ' 292', ' 293', ' 294', ' 295', ' 296', ' 297', ' 298', ' 299', ' 300', ' 301', ' 302', ' 303', ' 304', ' 305', ' 306', ' 307', ' 308', ' 309', ' 310', ' 311', ' 312', ' 313', ' 314', ' 315', ' 316', ' 317', ' 318', ' 319', ' 320', ' 321', ' 322', ' 323', ' 324', ' 325', ' 326', ' 327', ' 328', ' 329', ' 330', ' 331', ' 332', ' 333', ' 334', ' 335', ' 336', ' 337', ' 338', ' 339', ' 340', ' 341', ' 342', ' 343', ' 344', ' 345', ' 346', ' 347', ' 348', ' 349', ' 350', ' 351', ' 352', ' 353', ' 354', ' 355', ' 356', ' 357', ' 358', ' 359', ' 360', ' 361', ' 362', ' 363', ' 364', ' 365', ' 366', ' 367', ' 368', ' 369', ' 370', ' 371']}
所以，2 个键（链 A 和 链 B）和 2 个列表（链 A 的 resNumber 和 链 B 的 resNumber）。
你能帮我把这个脚本推广到任何 .pdb 文件吗？
谢谢！
.pdb 文件格式的前几行如下所示：
CRYST1 91.372 118.560 70.786 90.00 90.00 90.00 P 1 1
ATOM 1 N LYS A 1 10.246 29.908 8.932 0.00 0.00 A
ATOM 2 HT1 LYS A 1 11.053 29.331 8.619 0.00 0.00 A
ATOM 3 HT2 LYS A 1 10.405 30.386 9.842 0.00 0.00 A
ATOM 4 HT3 LYS A 1 10.211 30.643 8.197 0.00 0.00 A
ATOM 5 CA LYS A 1 9.010 29.017 8.844 0.00 0.00 A
ATOM 6 HA LYS A 1 9.395 28.160 8.311 0.00 0.00 A
ATOM 7 CB LYS A 1 8.484 28.723 10.313 0.00 0.00 A
ATOM 8 HB1 LYS A 1 9.376 28.807 10.970 0.00 0.00 A
ATOM 9 HB2 LYS A 1 7.797 29.544 10.609 0.00 0.00 A
ATOM 10 CG LYS A 1 7.855 27.321 10.494 0.00 0.00 A
ATOM 11 HG1 LYS A 1 7.016 27.501 11.199 0.00 0.00 A
ATOM 12 HG2 LYS A 1 7.294 26.942 9.613 0.00 0.00 A
ATOM 13 CD LYS A 1 8.769 26.282 10.991 0.00 0.00 A
ATOM 14 HD1 LYS A 1 9.376 26.065 10.088 0.00 0.00 A
ATOM 15 HD2 LYS A 1 9.476 26.682 11.750 0.00 0.00 A
ATOM 16 CE LYS A 1 7.894 25.110 11.592 0.00 0.00 A
ATOM 17 HE1 LYS A 1 7.347 25.505 12.475 0.00 0.00 A
左右你也可以看到B链：
ATOM 3802 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B
ATOM 3803 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B
ATOM 3804 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B
ATOM 3805 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B
ATOM 3806 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B
ATOM 3807 HB1 TYR B 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 B
ATOM 3808 HB2 TYR B 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 B
ATOM 3809 CG TYR B 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 B
ATOM 3810 CD1 TYR B 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 B
ATOM 3811 HD1 TYR B 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 B
ATOM 3812 CE1 TYR B 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 B
ATOM 3813 HE1 TYR B 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 B
如果您需要有关 .pdb 文件格式的更多信息，here 是 link。
我的解决方案如下：
#Create an empty dictionary
pdb_dict={}
#1. create a list containing each file as a list
all_lines=[filter(lambda x: x != '',line.strip('\n').split(' ')) for line in open('test.pdb', 'r').readlines()]
#2.Use a set comprehension to identify all unique chains in the file
#(This approach assumes that there will be no two different chains with
#the same name in the same file)
chains={line[-1] for line in all_lines if line[0]==('ATOM' or 'HETATM')}
#3.Create a dictionary key for each chain and append the residue numbers
for chain in chains:
pdb_dict[chain]=[line[1] for line in all_lines if line[0]==('ATOM' or 'HETATM') and line[-1]==chain]
此方法包括三个步骤：
首先，您将文件读入列表列表。由于文件中的值是 space 分隔的，因此您可以拆分从 open('test.pdb', 'r').readlines() 获得的每一行。因为分隔值的 spaces 的数量是可变的，所以您会在列表中得到一些只有 spaces 的值。然后使用 lambda 函数从列表（文件的一行）中过滤掉每个仅是 space (' ') 的元素。现在你基本上可以通过它的索引访问每个列表中的信息，它对应于pdb文件中的列（从第0列开始）。
其次，您遍历之前创建的行列表并识别文件中的所有唯一链。这就是集合推导的作用。
最后，您遍历您的链集。对于每个链，您在字典中创建一个键并将分配给该链的所有残基编号附加到它。
您可以使用我们之前创建的 all_lines 列表轻松解析的其他值，基于列表中的每个值索引，例如：
for line in all_lines:
atomType=line[0]
atomSerialNumber=line[1]
atomName=line[2]
.
.
.
我使用了以下示例文件：
CRYST1 91.372 118.560 70.786 90.00 90.00 90.00 P 1 1
ATOM 1 N LYS A 1 10.246 29.908 8.932 0.00 0.00 A
ATOM 2 HT1 LYS A 1 11.053 29.331 8.619 0.00 0.00 A
ATOM 3 HT2 LYS A 1 10.405 30.386 9.842 0.00 0.00 A
ATOM 4 HT3 LYS A 1 10.211 30.643 8.197 0.00 0.00 A
ATOM 5 CA LYS A 1 9.010 29.017 8.844 0.00 0.00 A
ATOM 6 HA LYS A 1 9.395 28.160 8.311 0.00 0.00 A
ATOM 7 CB LYS A 1 8.484 28.723 10.313 0.00 0.00 A
ATOM 8 HB1 LYS A 1 9.376 28.807 10.970 0.00 0.00 A
ATOM 9 HB2 LYS A 1 7.797 29.544 10.609 0.00 0.00 A
ATOM 10 CG LYS A 1 7.855 27.321 10.494 0.00 0.00 A
ATOM 11 HG1 LYS A 1 7.016 27.501 11.199 0.00 0.00 A
ATOM 12 HG2 LYS A 1 7.294 26.942 9.613 0.00 0.00 A
ATOM 13 CD LYS A 1 8.769 26.282 10.991 0.00 0.00 A
ATOM 14 HD1 LYS A 1 9.376 26.065 10.088 0.00 0.00 A
ATOM 15 HD2 LYS A 1 9.476 26.682 11.750 0.00 0.00 A
ATOM 16 CE LYS A 1 7.894 25.110 11.592 0.00 0.00 A
ATOM 17 HE1 LYS A 1 7.347 25.505 12.475 0.00 0.00 A
ATOM 1800 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B
ATOM 1802 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B
ATOM 1803 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B
ATOM 1804 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B
ATOM 1805 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B
ATOM 1806 HB1 TYR B 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 B
ATOM 1807 HB2 TYR B 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 B
ATOM 1808 CG TYR B 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 B
ATOM 1810 CD1 TYR B 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 B
ATOM 1811 HD1 TYR B 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 B
ATOM 1812 CE1 TYR B 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 B
ATOM 1813 HE1 TYR B 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 B
ATOM 1814 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B
ATOM 1815 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B
ATOM 1816 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B
ATOM 1817 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B
ATOM 1818 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B
ATOM 3807 HB1 TYR C 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 C
ATOM 3808 HB2 TYR C 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 C
ATOM 3809 CG TYR C 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 C
ATOM 3810 CD1 TYR C 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 C
ATOM 3811 HD1 TYR C 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 C
ATOM 3812 CE1 TYR C 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 C
ATOM 3813 HE1 TYR C 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 C
运行 上面描述的代码给出了想要的结果：
pdb_dict{'A': ['1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', '10', '11', '12', '13', '14', '15', '16', '17'], 'C': ['3807', '3808', '3809', '3810', '3811', '3812', '3813'], 'B': ['1800', '1802', '1803', '1804', '1805', '1806', '1807', '1808', '1810', '1811', '1812', '1813', '1814', '1815', '1816', '1817', '1818']}
首先，让我先声明，我这样做是作为一个 Python 练习，我 不允许使用 Biopython。
我正在编写一个脚本来帮助我解析从轨迹生成的任何 .pdb 文件。我正在尝试创建一个字典，它将 link chain 变量 与 resNumber 变量 。虽然我解决了只有 2 个链的特定 .pdb 文件的问题，但我想让这个脚本适用于任何 .pdb 文件，无论链的数量如何。这是我写的：
import sys
pdbTraj = open('md20_aligned_3frames.pdb', 'r')
pdbTraj_line = pdbTraj.readlines()
newFile = open('newfile.txt', 'w')
pdbDict = {}
resNumberList1 = []
resNumberList2 = []
chainTry = "A"
for line in pdbTraj_line:
if line.startswith(("ATOM" or "HETATM")):
atomType = line[0:6]
atomSerialNumber = line[6:11]
atomName = line[12:16]
resName = line[17:20]
chain = line[21]
resNumber = line[22:26]
coorX = line[30:38]
coorY = line[38:46]
coorZ = line[46:54]
occupancy = line[54:60]
temperatureFact = line[60:66]
segmentIdentifier = line[72:76]
elementSymbol = line[76:78]
if chain == chainTry:
resNumberList1.append(resNumber)
pdbDict[chain] = list(dict.fromkeys(resNumberList1))
else:
resNumberList2.append(resNumber)
pdbDict[chain] = list(dict.fromkeys(resNumberList2))
print(pdbDict)
这是我得到的结果：
{'A': [' 1', ' 2', ' 3', ' 4', ' 5', ' 6', ' 7', ' 8', ' 9', ' 10', ' 11', ' 12', ' 13', ' 14', ' 15', ' 16', ' 17'], 'B': [' 19', ' 20', ' 21', ' 22', ' 23', ' 24', ' 25', ' 26', ' 27', ' 28', ' 29', ' 30', ' 31', ' 32', ' 33', ' 34', ' 35', ' 36', ' 37', ' 38', ' 39', ' 40', ' 41', ' 42', ' 43', ' 44', ' 45', ' 46', ' 47', ' 48', ' 49', ' 50', ' 51', ' 52', ' 53', ' 54', ' 55', ' 56', ' 57', ' 58', ' 59', ' 60', ' 61', ' 62', ' 63', ' 64', ' 65', ' 66', ' 67', ' 68', ' 69', ' 70', ' 71', ' 72', ' 73', ' 74', ' 75', ' 76', ' 77', ' 78', ' 79', ' 80', ' 81', ' 82', ' 83', ' 84', ' 85', ' 86', ' 87', ' 88', ' 89', ' 90', ' 91', ' 92', ' 93', ' 94', ' 95', ' 96', ' 97', ' 98', ' 99', ' 100', ' 101', ' 102', ' 103', ' 104', ' 105', ' 106', ' 107', ' 108', ' 109', ' 110', ' 111', ' 112', ' 113', ' 114', ' 115', ' 116', ' 117', ' 118', ' 119', ' 120', ' 121', ' 122', ' 123', ' 124', ' 125', ' 126', ' 127', ' 128', ' 129', ' 130', ' 131', ' 132', ' 133', ' 134', ' 135', ' 136', ' 137', ' 138', ' 139', ' 140', ' 141', ' 142', ' 143', ' 144', ' 145', ' 146', ' 147', ' 148', ' 149', ' 150', ' 151', ' 152', ' 153', ' 154', ' 155', ' 156', ' 157', ' 158', ' 159', ' 160', ' 161', ' 162', ' 163', ' 164', ' 165', ' 166', ' 167', ' 168', ' 169', ' 170', ' 171', ' 172', ' 173', ' 174', ' 175', ' 176', ' 177', ' 178', ' 179', ' 180', ' 181', ' 182', ' 183', ' 184', ' 185', ' 186', ' 187', ' 188', ' 189', ' 190', ' 191', ' 192', ' 193', ' 194', ' 195', ' 196', ' 197', ' 198', ' 199', ' 200', ' 201', ' 202', ' 203', ' 204', ' 205', ' 206', ' 207', ' 208', ' 209', ' 210', ' 211', ' 212', ' 213', ' 214', ' 215', ' 216', ' 217', ' 218', ' 219', ' 220', ' 221', ' 222', ' 223', ' 224', ' 225', ' 226', ' 227', ' 228', ' 229', ' 230', ' 231', ' 232', ' 233', ' 234', ' 235', ' 236', ' 237', ' 238', ' 239', ' 240', ' 241', ' 242', ' 243', ' 244', ' 245', ' 246', ' 247', ' 248', ' 249', ' 250', ' 251', ' 252', ' 253', ' 254', ' 255', ' 256', ' 257', ' 258', ' 259', ' 260', ' 261', ' 262', ' 263', ' 264', ' 265', ' 266', ' 267', ' 268', ' 269', ' 270', ' 271', ' 272', ' 273', ' 274', ' 275', ' 276', ' 277', ' 278', ' 279', ' 280', ' 281', ' 282', ' 283', ' 284', ' 285', ' 286', ' 287', ' 288', ' 289', ' 290', ' 291', ' 292', ' 293', ' 294', ' 295', ' 296', ' 297', ' 298', ' 299', ' 300', ' 301', ' 302', ' 303', ' 304', ' 305', ' 306', ' 307', ' 308', ' 309', ' 310', ' 311', ' 312', ' 313', ' 314', ' 315', ' 316', ' 317', ' 318', ' 319', ' 320', ' 321', ' 322', ' 323', ' 324', ' 325', ' 326', ' 327', ' 328', ' 329', ' 330', ' 331', ' 332', ' 333', ' 334', ' 335', ' 336', ' 337', ' 338', ' 339', ' 340', ' 341', ' 342', ' 343', ' 344', ' 345', ' 346', ' 347', ' 348', ' 349', ' 350', ' 351', ' 352', ' 353', ' 354', ' 355', ' 356', ' 357', ' 358', ' 359', ' 360', ' 361', ' 362', ' 363', ' 364', ' 365', ' 366', ' 367', ' 368', ' 369', ' 370', ' 371']}
所以，2 个键（链 A 和 链 B）和 2 个列表（链 A 的 resNumber 和 链 B 的 resNumber）。
你能帮我把这个脚本推广到任何 .pdb 文件吗？ 谢谢！
.pdb 文件格式的前几行如下所示：
CRYST1 91.372 118.560 70.786 90.00 90.00 90.00 P 1 1
ATOM 1 N LYS A 1 10.246 29.908 8.932 0.00 0.00 A
ATOM 2 HT1 LYS A 1 11.053 29.331 8.619 0.00 0.00 A
ATOM 3 HT2 LYS A 1 10.405 30.386 9.842 0.00 0.00 A
ATOM 4 HT3 LYS A 1 10.211 30.643 8.197 0.00 0.00 A
ATOM 5 CA LYS A 1 9.010 29.017 8.844 0.00 0.00 A
ATOM 6 HA LYS A 1 9.395 28.160 8.311 0.00 0.00 A
ATOM 7 CB LYS A 1 8.484 28.723 10.313 0.00 0.00 A
ATOM 8 HB1 LYS A 1 9.376 28.807 10.970 0.00 0.00 A
ATOM 9 HB2 LYS A 1 7.797 29.544 10.609 0.00 0.00 A
ATOM 10 CG LYS A 1 7.855 27.321 10.494 0.00 0.00 A
ATOM 11 HG1 LYS A 1 7.016 27.501 11.199 0.00 0.00 A
ATOM 12 HG2 LYS A 1 7.294 26.942 9.613 0.00 0.00 A
ATOM 13 CD LYS A 1 8.769 26.282 10.991 0.00 0.00 A
ATOM 14 HD1 LYS A 1 9.376 26.065 10.088 0.00 0.00 A
ATOM 15 HD2 LYS A 1 9.476 26.682 11.750 0.00 0.00 A
ATOM 16 CE LYS A 1 7.894 25.110 11.592 0.00 0.00 A
ATOM 17 HE1 LYS A 1 7.347 25.505 12.475 0.00 0.00 A
左右你也可以看到B链：
ATOM 3802 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B
ATOM 3803 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B
ATOM 3804 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B
ATOM 3805 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B
ATOM 3806 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B
ATOM 3807 HB1 TYR B 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 B
ATOM 3808 HB2 TYR B 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 B
ATOM 3809 CG TYR B 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 B
ATOM 3810 CD1 TYR B 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 B
ATOM 3811 HD1 TYR B 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 B
ATOM 3812 CE1 TYR B 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 B
ATOM 3813 HE1 TYR B 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 B
如果您需要有关 .pdb 文件格式的更多信息，here 是 link。
我的解决方案如下：
#Create an empty dictionary
pdb_dict={}
#1. create a list containing each file as a list
all_lines=[filter(lambda x: x != '',line.strip('\n').split(' ')) for line in open('test.pdb', 'r').readlines()]
#2.Use a set comprehension to identify all unique chains in the file
#(This approach assumes that there will be no two different chains with
#the same name in the same file)
chains={line[-1] for line in all_lines if line[0]==('ATOM' or 'HETATM')}
#3.Create a dictionary key for each chain and append the residue numbers
for chain in chains:
pdb_dict[chain]=[line[1] for line in all_lines if line[0]==('ATOM' or 'HETATM') and line[-1]==chain]
此方法包括三个步骤：
首先，您将文件读入列表列表。由于文件中的值是 space 分隔的，因此您可以拆分从 open('test.pdb', 'r').readlines() 获得的每一行。因为分隔值的 spaces 的数量是可变的，所以您会在列表中得到一些只有 spaces 的值。然后使用 lambda 函数从列表（文件的一行）中过滤掉每个仅是 space (' ') 的元素。现在你基本上可以通过它的索引访问每个列表中的信息，它对应于pdb文件中的列（从第0列开始）。
其次，您遍历之前创建的行列表并识别文件中的所有唯一链。这就是集合推导的作用。
最后，您遍历您的链集。对于每个链，您在字典中创建一个键并将分配给该链的所有残基编号附加到它。
您可以使用我们之前创建的 all_lines 列表轻松解析的其他值，基于列表中的每个值索引，例如：
for line in all_lines:
atomType=line[0]
atomSerialNumber=line[1]
atomName=line[2]
.
.
.
我使用了以下示例文件：
CRYST1 91.372 118.560 70.786 90.00 90.00 90.00 P 1 1
ATOM 1 N LYS A 1 10.246 29.908 8.932 0.00 0.00 A
ATOM 2 HT1 LYS A 1 11.053 29.331 8.619 0.00 0.00 A
ATOM 3 HT2 LYS A 1 10.405 30.386 9.842 0.00 0.00 A
ATOM 4 HT3 LYS A 1 10.211 30.643 8.197 0.00 0.00 A
ATOM 5 CA LYS A 1 9.010 29.017 8.844 0.00 0.00 A
ATOM 6 HA LYS A 1 9.395 28.160 8.311 0.00 0.00 A
ATOM 7 CB LYS A 1 8.484 28.723 10.313 0.00 0.00 A
ATOM 8 HB1 LYS A 1 9.376 28.807 10.970 0.00 0.00 A
ATOM 9 HB2 LYS A 1 7.797 29.544 10.609 0.00 0.00 A
ATOM 10 CG LYS A 1 7.855 27.321 10.494 0.00 0.00 A
ATOM 11 HG1 LYS A 1 7.016 27.501 11.199 0.00 0.00 A
ATOM 12 HG2 LYS A 1 7.294 26.942 9.613 0.00 0.00 A
ATOM 13 CD LYS A 1 8.769 26.282 10.991 0.00 0.00 A
ATOM 14 HD1 LYS A 1 9.376 26.065 10.088 0.00 0.00 A
ATOM 15 HD2 LYS A 1 9.476 26.682 11.750 0.00 0.00 A
ATOM 16 CE LYS A 1 7.894 25.110 11.592 0.00 0.00 A
ATOM 17 HE1 LYS A 1 7.347 25.505 12.475 0.00 0.00 A
ATOM 1800 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B
ATOM 1802 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B
ATOM 1803 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B
ATOM 1804 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B
ATOM 1805 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B
ATOM 1806 HB1 TYR B 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 B
ATOM 1807 HB2 TYR B 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 B
ATOM 1808 CG TYR B 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 B
ATOM 1810 CD1 TYR B 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 B
ATOM 1811 HD1 TYR B 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 B
ATOM 1812 CE1 TYR B 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 B
ATOM 1813 HE1 TYR B 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 B
ATOM 1814 N TYR B 240 -9.050 -41.325 16.074 0.00 0.00 B
ATOM 1815 HN TYR B 240 -8.672 -40.404 16.021 0.00 0.00 B
ATOM 1816 CA TYR B 240 -10.166 -41.491 15.204 0.00 0.00 B
ATOM 1817 HA TYR B 240 -9.685 -41.605 14.243 0.00 0.00 B
ATOM 1818 CB TYR B 240 -10.940 -42.818 15.365 0.00 0.00 B
ATOM 3807 HB1 TYR C 240 -10.241 -43.631 15.078 0.00 0.00 C
ATOM 3808 HB2 TYR C 240 -11.241 -43.061 16.407 0.00 0.00 C
ATOM 3809 CG TYR C 240 -12.233 -42.972 14.454 0.00 0.00 C
ATOM 3810 CD1 TYR C 240 -12.102 -43.272 13.086 0.00 0.00 C
ATOM 3811 HD1 TYR C 240 -11.100 -43.348 12.692 0.00 0.00 C
ATOM 3812 CE1 TYR C 240 -13.248 -43.404 12.343 0.00 0.00 C
ATOM 3813 HE1 TYR C 240 -13.093 -43.818 11.358 0.00 0.00 C
运行 上面描述的代码给出了想要的结果：
pdb_dict{'A': ['1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', '10', '11', '12', '13', '14', '15', '16', '17'], 'C': ['3807', '3808', '3809', '3810', '3811', '3812', '3813'], 'B': ['1800', '1802', '1803', '1804', '1805', '1806', '1807', '1808', '1810', '1811', '1812', '1813', '1814', '1815', '1816', '1817', '1818']}