奇点容器中的默认路径

Question

我是容器的新手 space，在学习了一些教程之后，我正在尝试建立自己的奇点容器运行。

我的食谱如下：

BootStrap: debootstrap
OSVersion: trusty
MirrorURL: http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/

%post
    #install strelka2.9.2 - these commands get run during the container build stage
    apt-get -y --force-yes install wget bzip2 python-dev
    wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.2/strelka-2.9.2.centos6_x86_64.tar.bz2
    tar xvjf strelka-2.9.2.centos6_x86_64.tar.bz2

%environment
    #What to put here to find the strelka-2.9.2.centos6_x86_64/bin/ folder?

我想知道如何将下载的二进制文件添加到可执行路径。我希望 post 部分中的下载文件显示在容器内的 /home/ 或类似位置，但是当我 shell 与 singularity shell myImage.simg 一起时，我似乎找不到它们.

Answer 1

默认情况下，容器中使用的 PATH 是您运行它来自的环境的 PATH。确保路径是您想要的设置的简单方法是：PATH=/path/to/strelka/bin:$PATH under %environment.

您可以快速使用的简单定义文件：

Bootstrap: docker
From: debian:buster-slim

%environment
    PATH=/some/weird/path/bin:$PATH

%runscript
    echo "PATH is: $PATH"

奇点容器中的默认路径

default path in a singularity container

recipe

singularity-container