在 ggplot 轴类别标签中正确显示化学公式

Question

我正在绘制一个数据集，其中化学式作为类别，以及与每个类别关联的值：

data <- data.frame(compound = factor(c("SiO[2]", "Al[2]O[3]", "CaO")),
                value = rnorm(3, mean = 1, sd = 0.25))

我想让化学式中的下标在轴标签中正确显示。我尝试了各种解决方案，涉及 bquote()、label_parsed()、scales::parse_format() 和 ggplot2:::parse_safe（根据 this thread），但所有这些都没有给我任何类别标签完全或一团糟。例如：

ggplot(data = data, aes(x = compound, y = value)) +
geom_col() +
scale_x_discrete(labels = scales::parse_format())

给出此错误消息：

Error in parse(text = x, srcfile = NULL) : 1:6: unexpected symbol
1: Al[2]O
         ^

有人可以帮忙吗？我之前用 x 轴和 x 轴标签（通过 labs() 然后 bquote() 或类似的）成功地完成了这个，并且我可以看到这个问题的各种线程，但相同的解决方案似乎不适用于类别标签。

Answer 1

更新：终于得到了正确的 parse() 例程，这样如果化学品在数据框中已经正确格式化，那么它们可以简单地被解析以显示正确的标签。（请注意，氧化铝需要波浪号 (~) 字符）。

library(tidyverse)
library(rlang)
#> 
#> Attaching package: 'rlang'
#> The following objects are masked from 'package:purrr':
#> 
#>     %@%, as_function, flatten, flatten_chr, flatten_dbl, flatten_int,
#>     flatten_lgl, flatten_raw, invoke, list_along, modify, prepend,
#>     splice
compounds = c("SiO[2]", "Al[2]~O[3]", "CaO[1]")
data <- tibble(compound = compounds,
               value = rnorm(3, mean = 1, sd = 0.25))
data %>%
  ggplot(aes(x = compound, y = value)) +
  geom_col() +
  scale_x_discrete(labels = rlang::parse_exprs)

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2019-11-21 创建

上次更新：用翻译 table 稍微更可扩展的代码替换代码以获得 bquote() 表达式。相同的基本想法，但现在不仅仅是标签中的硬接线，所以应该与过滤器、facet 等一起使用。


library(tidyverse)
compounds = c("SiO[2]", "Al[2]O[3]", "CaO[1]")
translation = c("SiO[2]" = bquote(SiO[2]),
                "Al[2]O[3]" = bquote(Al[2] ~ O[3]),
                "CaO[1]" = bquote(CaO))
data <- tibble(compound = compounds,
               value = rnorm(3, mean = 1, sd = 0.25))
ggplot(data = data, aes(x = compound, y = value)) +
  geom_col() + 
  scale_x_discrete(labels = translation)

在 ggplot 轴类别标签中正确显示化学公式

Correct display of chemical formulae in ggplot axis category labels

parsing

r

chemistry

subscript

ggplot2