r 中 igraph 模块化函数的问题

Question

我正在尝试根据属性计算图形的模块化。首先，我这样定义属性：

graph <- set_vertex_attr(graph, "attribute", value = as.numeric(df$attribute))

这行代码运行没有返回错误，接下来我运行模块化函数：

modularity(graph, V(graph)$attribute)

我运行此代码用于分类属性没有任何问题，但对于数字属性（如示例中）我收到此错误：

Error in modularity.igraph(graph, V(graph)$attribute) : At community.c:919 : Invalid membership vector, Invalid value

注意：我的图形是一个转换为 igraph 对象的邻接矩阵 (380*380)。我试图添加到图表中的数字属性包含许多零和小于 1 的值。知道我做错了什么吗？

Answer 1

如果你阅读 modularity.igraph 的帮助页面，你会发现第二个参数是成员向量，它将每个顶点分配给一个模块，从 1 开始。因此，如果你有 0或此向量中的负数，您将收到无效值错误。因子很好，因为它们的水平对应于从 1 开始的数字。

require(igraph)

g <- barabasi.game(n = 20, m = 2)

mod1 <- rep(c(1, 2, 3, 4, 5), 8)
modularity(g, mod1)
# Modularity is implemented for undirected graphs only.
# [1] -0.04950245

mod2 <- rep(c(0, 1, 2, 3, 4), 8)
modularity(g, mod2)
# Modularity is implemented for undirected graphs only.
# Error in modularity.igraph(g, mod2) : 
# At community.c:919 : Invalid membership vector, Invalid value

如果你认为你的隶属度向量是正确的，并且想用它来计算模块度，你可以简单地将它转换为一个因子：

modularity(g, as.factor(mod2))
# Modularity is implemented for undirected graphs only.
# [1] -0.04950245

r 中 igraph 模块化函数的问题

Problem with igraph modularity function in r

modularity

r

igraph