数据帧中的输出循环 Kolmogorov Smirnov 测试 (ks.test)

Question

我想将循环中记录的 ks.test 的输出合并到数据框或文件中，而不是在控制台中打印 1155 测试的输出...:-)。

column_equality_stats = function(data, lab_stats1, lab_stats2, min_count=100) {
  for(i in 1:length(lab_stats1)) {
    lab_testcodes_1 = lab_stats1[i]
    lab_testcodes_2 = lab_stats2[i]
    equal_columns <- filter(data, lab_testcode==lab_testcodes_1 | lab_testcode==lab_testcodes_2)
    col1 <- equal_columns[equal_columns$lab_testcode==lab_testcodes_1, 'lab_result']
    col2 <- equal_columns[equal_columns$lab_testcode==lab_testcodes_2, 'lab_result']
    if(sum(!is.na(col1))>min_count && sum(!is.na(col2))>min_count){
      stats <- ks.test(col1, col2)
      print(stats)

    }
  }
}

我想要一个包含以下列的 data.frame：col1 和 col2 的名称（方程值）、p 值和 D 值。

Utopian data frame

非常感谢您！！

Answer 1

这是我能做到的。请编辑您的问题并添加一个可重现的示例。

我需要知道您的数据是如何定义的。我不能运行你的代码！ :-)

无论如何，只需为每个运行循环创建一个数据框并将它们绑定在一起。

purrr 包的

map_dfr 为您完成。

library(purrr)

.column_equality_stats <- function(i, data, lab_stats1, lab_stats2, min_count = 100){

  lab_testcodes_1 <- lab_stats1[i]
  lab_testcodes_2 <- lab_stats2[i]
  equal_columns <- filter(data, lab_testcode==lab_testcodes_1 | lab_testcode==lab_testcodes_2)
  col1 <- equal_columns[equal_columns$lab_testcode==lab_testcodes_1, 'lab_result']
  col2 <- equal_columns[equal_columns$lab_testcode==lab_testcodes_2, 'lab_result']

  if(sum(!is.na(col1))>min_count && sum(!is.na(col2))>min_count){

    stats <- ks.test(col1, col2)
    res <- data.frame(col1 = lab_testcodes_1,
                      col2 = lab_testcodes_2,,
                      pvalue = stats$p.value,
                      dvalue = stats$statistics)

  } else {res <- data.frame()}

  res

}

column_equality_stats <- function(data, lab_stats1, lab_stats2, min_count=100) {

  map_dfr(seq_along(lab_stats1), 
          .column_equality_stats,
          data       = data,
          lab_stats1 = lab_stats1,
          lab_stats2 = lab_stats2,
          min_count  = min_count)

}

数据帧中的输出循环 Kolmogorov Smirnov 测试 (ks.test)

Output loop Kolmogorov Smirnov Test (ks.test) in dataframe

r

loops

dataframe

kolmogorov-smirnov