将 Jags 模型转换为 stan 模型

Question

我正在尝试将 Jags 模型转换为 stan 模型。

锯齿：

model{

    for (i in 1:n){

        theta[i] ~ dbeta(u*s, s-u*s)

        y[i] ~ dbin(theta[i],N[i])
    } 

    u ~ dunif(0,1)
    s ~ dlnorm(4,0.25)

}

斯坦：

data {
  int<lower=0> J;

  int y[J];

  int N[J]; 
}


parameters {

  real<lower=0, upper=1> u;

  real<lower=0> s;

  vector[J] theta;

}


model {

    s ~ lognormal(4,2);

    theta ~ beta(s*u, s*(1-u));

    y ~ binomial(N, theta);

}

但是当我运行它时，它returns消息如下：

链 1：拒绝初始值：链 1：错误评估初始值的对数概率。链 1：异常：beta_lpdf：随机变量 [4] 为 -1.58608，但必须 >= 0！（在第 18 行的 'model29e45483bba0_model' 中）

什么会在这个模型中产生负值？

Answer 1

此错误消息是由于 theta 上缺少适当的边界所致。应该是

vector<lower = 0, upper = 1>[J] theta;

许多 Stan 的新用户认为在 theta 之前放置类似 beta 的东西意味着它介于 0 和 1 之间。但是，没有这样的含义，特别是在 theta 的提案中，正如您从错误消息中看到的那样，除非声明了边界（在这种情况下，它们是由无约束的转换强制执行的），否则它可以是负数或大于 1变量）。

将 Jags 模型转换为 stan 模型

Convert Jags model to stan model

model

r

stan