Python 当 运行 rdkit.Chem.SaltRemover() 时出现参数错误。 （Python 参数类型与 C++ 签名不匹配）
Python argument error occurs when running rdkit.Chem.SaltRemover(). (Python argument types did not match C++ signature)
我正在使用 RDKit 处理一些任务，但遇到了一些问题。
我正在尝试使用 SaltRemover() 函数清理我的数据集，但是 ArgumentError 发生了，我无法弄清楚它。
使用的代码是这样的：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.PandasTools import LoadSDF
A1 = LoadSDF('finaldata_A1.sdf', smilesName='SMILES')
A1 = A1['SMILES']
for mol in A1:
A1_mol = Chem.MolFromSmiles(mol)
if mol is None: continue
from rdkit.Chem import SaltRemover
remover = SaltRemover.SaltRemover(defnFormat='smiles')
A1_mol_SR = remover.StripMol(A1_mol)
运行代码后的错误信息是：
ArgumentError: Python argument types in
rdkit.Chem.rdmolops.DeleteSubstructs(Mol, NoneType, bool)
did not match C++ signature:
DeleteSubstructs(class RDKit::ROMol mol, class RDKit::ROMol query, bool onlyFrags=False, bool useChirality=False)
我认为您对这里的一些事情感到困惑。
至于SaltRemover，你想用defnFormat论点达到什么目的？使用此参数时，还应提供 defnData，定义要删除的盐，即
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import SaltRemover
remover = SaltRemover(defnFormat='smarts', defnData="[Cl]")
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)
# We have stripped the Cl
res.GetNumAtoms()
[Out]: 4
如果您初始化 SaltRemover，没有这些参数，salt 定义将从 file 中读取，该 file 被读取为一组 SMARTS 查询。当您将 defnFormat 设置为 'smiles' 时，您是在告诉移除器将文件读取为一系列 SMILES 字符串。当然，由于注释和格式不正确，此文件不能作为 SMILES 字符串读取。在定义的盐中随后有 'None' 个对象，这就是您收到 ArgumentError 的原因。在内部 rdkit 正在使用函数 DeleteSubstructs 传递给您的查询分子和要移除的盐，现在可能是 'None'.
您可能不需要定义自己的盐。如果不只是使用默认参数：
remover = SaltRemover()
# We can have a look at some of the salts
Chem.MolToSmarts(remover.salts[0])
[Out]: '[Cl,Br,I]'
# Use to strip salts
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)
print(Chem.MolToSmiles(res))
[Out]: 'CN(C)C'
您的另一个问题似乎与您处理数据的方式有关。您似乎在计算 Mol 个对象两次？当您使用 'LoadSDF' 函数时，除非在 molColName 参数中指定，否则会将 Mols 添加到名称为 'ROMol' 的列中。你也只是想剥离一个分子？您可能应该考虑尝试将去除剂应用于 A1 数据框中的分子列。
我正在使用 RDKit 处理一些任务，但遇到了一些问题。
我正在尝试使用 SaltRemover() 函数清理我的数据集，但是 ArgumentError 发生了，我无法弄清楚它。
使用的代码是这样的：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.PandasTools import LoadSDF
A1 = LoadSDF('finaldata_A1.sdf', smilesName='SMILES')
A1 = A1['SMILES']
for mol in A1:
A1_mol = Chem.MolFromSmiles(mol)
if mol is None: continue
from rdkit.Chem import SaltRemover
remover = SaltRemover.SaltRemover(defnFormat='smiles')
A1_mol_SR = remover.StripMol(A1_mol)
运行代码后的错误信息是：
ArgumentError: Python argument types in rdkit.Chem.rdmolops.DeleteSubstructs(Mol, NoneType, bool) did not match C++ signature: DeleteSubstructs(class RDKit::ROMol mol, class RDKit::ROMol query, bool onlyFrags=False, bool useChirality=False)
我认为您对这里的一些事情感到困惑。
至于SaltRemover，你想用defnFormat论点达到什么目的？使用此参数时，还应提供 defnData，定义要删除的盐，即
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import SaltRemover
remover = SaltRemover(defnFormat='smarts', defnData="[Cl]")
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)
# We have stripped the Cl
res.GetNumAtoms()
[Out]: 4
如果您初始化 SaltRemover，没有这些参数，salt 定义将从 file 中读取，该 file 被读取为一组 SMARTS 查询。当您将 defnFormat 设置为 'smiles' 时，您是在告诉移除器将文件读取为一系列 SMILES 字符串。当然，由于注释和格式不正确，此文件不能作为 SMILES 字符串读取。在定义的盐中随后有 'None' 个对象，这就是您收到 ArgumentError 的原因。在内部 rdkit 正在使用函数 DeleteSubstructs 传递给您的查询分子和要移除的盐，现在可能是 'None'.
您可能不需要定义自己的盐。如果不只是使用默认参数：
remover = SaltRemover()
# We can have a look at some of the salts
Chem.MolToSmarts(remover.salts[0])
[Out]: '[Cl,Br,I]'
# Use to strip salts
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)
print(Chem.MolToSmiles(res))
[Out]: 'CN(C)C'
您的另一个问题似乎与您处理数据的方式有关。您似乎在计算 Mol 个对象两次？当您使用 'LoadSDF' 函数时，除非在 molColName 参数中指定，否则会将 Mols 添加到名称为 'ROMol' 的列中。你也只是想剥离一个分子？您可能应该考虑尝试将去除剂应用于 A1 数据框中的分子列。