在 bcftools 中使用 for 循环

Question

我有一个包含 900 个文件的文件夹，名称如下：

chr1_643632542_63643636.vcf.gz
chr1_23634521_626356.vcf.gz
chr2_363643262346_234324.vcf.gz
chr2_1345_21346.vcf.gz
....
chr22_134545_3245145.vcf.gz

我试图用循环索引每个文件：

for i in {1..22}
do 
  bcftools index -t -f chr${i}_*_*.vcf.gz 
done

所以我最终会得到以下结果：

chr1_643632542_63643636.vcf.gz
chr1_643632542_63643636.vcf.gz.tbi
chr1_23634521_626356.vcf.gz
chr1_23634521_626356.vcf.gz.tbi
chr2_363643262346_234324.vcf.gz
chr2_363643262346_234324.vcf.gz.tbi
chr2_1345_21346.vcf.gz
chr2_1345_21346.vcf.gz.tbi
....
chr22_134545_3245145.vcf.gz 
chr22_134545_3245145.vcf.gz.tbi

然而，当我运行上面的循环时，我只得到第一个染色体条目的索引文件，其余部分被忽略（即一个 chr1__.vcf.gz.tbi 仅索引文件并忽略其余部分，然后是第一个 chr2 文件和第一个 chr3 文件，依此类推）。

非常感谢您的帮助。

祝一切顺利

Answer 1

也许直接遍历文件名：

for i in chr*.vcf.gz
do 
  bcftools index -t -f $i 
done

在 bcftools 中使用 for 循环

Using a for loop with bcftools

loops

bioinformatics

bcftools