Runtime.getRuntime().exec 从 java netbeans 使用时没有结果

Question

我正在处理一个 Java 项目，由于没有显示任何结果而卡在了某个步骤。

java代码是：

public class callPgs {

public static void main(String[] args) {
    // TODO Auto-generated method stub

    try{    
        Process p = Runtime.getRuntime().exec("C:/R/R-3.2.0/bin/Rscript.exe C:/R/R-3.2.0/bin/arrayqualityMetrics.R");

        int processComplete = p.waitFor();

                   if (processComplete == 0) {

                        JOptionPane.showMessageDialog(null,"Process is completed");
                        System.out.println("successfull");
                   } else {
                       JOptionPane.showMessageDialog(null,"You Have selected Wrong Input File");
                        System.out.println("Could not complete");
                   }
                }
                catch (Exception e1)
                {
                               e1.printStackTrace();
                }
    }

}

因为我正在使用 Rscript.exe

使用命令提示符执行此操作

C:\R\...\bin\Rscript "arrayqualityMetrics.R"

我得到的结果是正确的但是当我使用上面的代码通过 Java netbeans 执行此操作时，它在 netbean 的控制台中将 else 选项显示为 "Could not complete"。

因为其他 RScripts 运行ning 很好并且没有任何错误但是这个没有给出结果，因为 Rscripts 用于 arrayqualityMetrics as:-

库（arrayQualityMetrics）

图书馆（limma）

图书馆（tcltk）

options(warn = -1) #commands for remove warnings as when they are coming when 运行ning the Rscript from the R console.

X <-tk_choose.files（标题="Choose Files"）

maData<-read.maimages(X, source="agilent", other.columns = "gProcessedSignal", green.only=TRUE)

eSet<-new("ExpressionSet", exprs = maData$other$gProcessedSignal, 注释=maData$genes[7])

arrayQualityMetrics(eSet, outdir="QC_C", force = TRUE, do.logtransform = TRUE)

所以我想问一下 Rscript 中是否有任何错误，或者我应该在 java 代码中添加任何内容以正确运行它.... 任何帮助都是可观的......

Answer 1

您需要 waitFor Process 才能完成。根据该 Javadoc，如果需要， 会导致当前线程等待，直到此 Process 对象表示的进程终止。 此外，您可能想要添加一个抓住可能的 InterruptedException。所以，像

try {
    Process p = Runtime.getRuntime().exec(
            "C:/R/R-3.2.0/bin/Rscript.exe my_script.R");
    p.waitFor();
} catch (IOException e) {
    e.printStackTrace();
} catch (InterruptedException e) {
    e.printStackTrace();
}

Answer 2

除非您连接到进程输入流，否则您将无法捕获它。

见

http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/lang/Process.html#getInputStream()

如

 InputStream os = p.getInputStream ();
 while ((b = os.read ()) != -1) {
    System.out.print (b);
 }

Answer 3

你可以这样做：

try{    
        Process p = Runtime.getRuntime().exec("C:\R\R-3.2.0\bin\Rscript.exe C:\dir\my_script.R");

        int processComplete = p.waitFor();

           if (processComplete == 0) {
                System.out.println("successfull");
           } else {
                System.out.println("Could not complete");
           }
        }
        catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }
    }

尝试为需要执行的文件添加完整路径。我试过这个简单的例子，对我来说效果很好。

Process process = Runtime.getRuntime().exec("notepad C:\abc.txt");

Runtime.getRuntime().exec 从 java netbeans 使用时没有结果

Runtime.getRuntime().exec gets no results when used from java netbeans

java

cmd

r

netbeans-8