"Missing files for target" 将 Drake 用于 Rmd 时出错

Question

今天一直在学习如何使用 Drake，并设法迁移了我的代码，但还没有迁移我的 R markdown 报告。这份报告编译得很好，并产生了预期的输出，但也给出了这个错误，没有多少搜索可以阐明。

我正在按照推荐使用 r_make() 命令，目前我的计划是：

plan_0 <- drake_plan(
  raw_c_data = read_rds(
    file_in("data/css_carib_data.rds")),
  raw_c_fg = read_rds(
    file_in("data/css_carib_fg.rds")),
  c_data = clean_caribbean_fg(raw_c_data, raw_c_fg),
  clean_c_fg = write_rds(
    c_data,
    file_out("data/clean_c_fg.rds"),
    compress = "gz"),
  c_maps = gen_maps(bbx_1, bbx_2, bbx_3, bbx_4, bbx_5),
  c_maps_out = write_rds(
    c_maps,
    file_out("data/c_maps.rds"),
    compress = "gz"),
  c_base_report = rmarkdown::render(
    knitr_in("R/0_prepare_data.Rmd"),
    output_file = file_out("0_prepare_data.html"),
    quiet = T)
)

该 Rmd 文件以以下内容开头

---
title: "0: Data Description"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(drake)
require(tidyverse)
require(ggmap)

loadd(raw_c_fg)
loadd(clean_c_fg)
loadd(c_maps)
```

This document is a description of the data processed in `0_prepare_data.R` from the Caribbean region. The following table gives the counts of each classification within the aggregated functional groups.

```{r tables, echo = F}
raw_c_fg %>%
  pull(fg) %>%
  table() %>%
  knitr::kable(col.names = c("Class", "Count"),
               caption = "Counts of Each Functional Group")
```

我很乐意根据需要附加更多内容，但希望这足以让我明白为什么会出现此错误？

Answer 1

弄清楚出了什么问题，这是 Rmd 和 Rproj/drake 之间常见的相对位置冲突。我在 R 目录中找到了 Rmd 文件，但是 _drake.R 在基本目录中，因此定位输出的差异导致 drake 在错误的位置查找。

"Missing files for target" 将 Drake 用于 Rmd 时出错

"Missing files for target" error using Drake for Rmd

r

tidyverse

drake-r-package