如何将样本保持在有效的簇中？

Question

我的 datExprSTLMS 中有 72 个样本作为基因表达数据集，运行基于以下代码对该数据集进行聚类：

new_hclust = hclust(dist(datExprSTLMS), method = "average")
Cutreecluster_Sample <- cutreeDynamic(dendro = new_hclust, minClusterSize = 5,
                                          method = "tree")

然后我得到 table 如下：

table(Cutreecluster_Sample)
Cutreecluster_Sample
 0  1  2  3  4 
 1 24 22 18  7

现在，聚类中 0 的样本是离群值，我想将其从我的数据集中删除。所以我运行下面的代码用于保留所有样本，除了样本在簇 0

keepSamples = (Cutreecluster_Sample==!0)

但是当我运行 table 进行 keepsamples 时，我看到以下结果：

> table(keepSamples)
    keepSamples
    FALSE  TRUE 
     48    24

如您在 keepSamples 中所见，我只有 24 个样本而不是 71 个样本。如果有人在代码级别指导我解决我的问题，我将不胜感激。

Answer 1

将keepSamples = (Cutreecluster_Sample==!0)更改为keepSamples = (Cutreecluster_Sample!=0)

为什么？从右到左评估您的命令：!0 是 0 的逻辑否定，相当于 R 中的 !FALSE。因此 !0 等于 TRUE .然后检查 Cutreecluster_Sample 是否等于 TRUE。 TRUE 在 R 中强制转换为数字是 1。因此你的检查实际上是 TRUE 当且仅当样本在簇 1 中，而不是簇 0 中。

尝试 !0 == 1 和 FALSE == 0。

如何将样本保持在有效的簇中？

how to keep samples in valid clusters?

r

hierarchical-clustering