DNA 序列点图

Question

我目前正在编写一个脚本来在给定两个序列时创建点图。到目前为止，我可以得到一个可爱的 lil 点图。

The X axis is: >HeaderOfSeq1

X = ATCGTAGCTACGTACGT
The Y axis is: >HeaderOfSeq2

Y = ATGCGATCGTGCTAC 

ATGCGATCGTGCTAC
===============|
\    \       \ |A
 \    \  \  \  |T
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
  \ \   \ \    |G
   \   \   \  \|C
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T
\    \       \ |A
   \   \   \  \|C
  \ \   \ \    |G
 \    \  \  \  |T

这是脚本中的 --ascii 过滤器（没有该过滤器，/ 是匹配的字母）。不，我想要和需要做的就是把它变成一个 matplotlib 图。

我有点卡在这一点上了，我从 np 中获取了两个具有所有可能组合的数组，我希望重叠会相当简单，return 等高线图可能基本上就是这样显示了上面的点图，但更漂亮。 Matplot 是一项要求，顺便说一句，标准化等等。由于它们的字符串格式，我无法对 meshgrids（我知道）做任何事情，所以我被卡住了。

任何帮助将不胜感激！！如果需要，我还会 post 一些实际代码。

Answer 1

IIUC，你可以做到：

X, Y = 'ATCGTAGCTACGTACGT', 'ATGCGATCGTGCTAC'
X, Y = np.array(list(X)), np.array(list(Y))

plt.imshow(X==Y[:,None])        # the magic happens here, contourf should work similarly
plt.xticks(np.arange(len(X)), X)
plt.yticks(np.arange(len(Y)), Y)
plt.show()

输出：

DNA 序列点图

DNA sequence Dotplots

python

python-3.x

matplotlib

genetics