在 Raku 中通过 NativeCall 调用 GSL 函数会抛出错误

Question

问题

我正在尝试从 raku 呼叫 cumulative distribution function of chisq function in GSL。

这是我的 raku 脚本 chisq.raku

#Calling gsl_cdf_chisq-P function in GSL from raku

use NativeCall;

sub gsl_cdf_chisq_P(num64, num64) returns num64 is native('gsl') { * };
sub gsl_cdf_chisq_Q(num64, num64) returns num64 is native('gsl') { * };


sub pchisq($q, $df, $lower-tail = True) {
  my $a = $q.Num;
  my $b = $df.Num;
  if $lower-tail == True {
    return gsl_cdf_chisq_P($a, $b)
  } else {
    return gsl_cdf_chisq_Q($a, $b)
  }
  }

say pchisq(3,4);

执行此脚本时，出现以下错误：

Cannot locate native library '(null)': /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgsl.so: undefined symbol: cblas_ctrmv
  in method setup at /usr/share/perl6/core/sources/947BDAB9F96E0E5FCCB383124F923A6BF6F8D76B (NativeCall) line 286
  in block gsl_cdf_chisq_P at /usr/share/perl6/core/sources/947BDAB9F96E0E5FCCB383124F923A6BF6F8D76B (NativeCall) line 578
  in sub pchisq at chisq.raku line 13
  in block <unit> at chisq.raku line 19

通过阅读 NativeCall 上的文档，我包含了共享库 libgsl.so。

谷歌搜索显示 cblas_ctrmv 可能（不确定）与 lapack 有关。

所以我搜索了 liblapack.so，它确实存在于 /usr/lib 中。 echo $LD_LIBRARY_PATH显示

/usr/local/lib/R/lib::/lib:/usr/local/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server

为了看看我是否可以修复它，我使用命令 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib 将 /usr/lib 添加到 LD_LIBRARY_PATH 并再次尝试运行脚本。

仍然无法正常工作，同样的错误消息。

环境：

我是运行宁码在docker container inside rstudio.

Raku 版本 2019.11

它有 gsl-dev 个文件和 gsl 个库。容器在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ 内有共享库 libgsl.so。此文件夹内的其他共享库是

有没有办法让它工作？

Answer 1

我确认 Ubuntu 18.04 附带的 libgsl 和 libgslcblas 版本会产生您发现的那种错误。我安装了两个库的 Debian Buster 版本（即使这不是好的做法）并且奇迹般地解决了问题。

Answer 2

看起来 rocker/rstudio 的基本图像已更新为 debian:buster。

安装libgsl23后问题解决

现在有效了!!

在 Raku 中通过 NativeCall 调用 GSL 函数会抛出错误

Calling GSL functions via NativeCall in Raku throws error

docker

lapack

gsl

raku

nativecall

问题

环境：