将 3D DICOM 卷从单个文件读入 numpy 数组

Question

我在 CentOS 7 上的 Anaconda Spyder 上使用 Python 3.7.3。

我有一个在单个文件中的 3D DICOM 卷：/usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/Tra_FLAIR.dcm

我正在尝试将其读入 3D numpy 数组，如 here 所述。

我试试下面的代码

import pydicom as dicom
import numpy as np

image=dicom.read_file('/usr/share/aliza/datasets/DICOM/00_MR/Tra_FLAIR.dcm')
image.pixel_array

这导致

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-28-85bf1e993c9b>", line 1, in <module>
    image.pixel_array

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/dataset.py", line 1362, in pixel_array
    self.convert_pixel_data()

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/dataset.py", line 1308, in convert_pixel_data
    raise last_exception

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pydicom/dataset.py", line 1276, in     convert_pixel_data
    arr = handler.get_pixeldata(self)

  File "/home/peter/anaconda3/lib/python3.7/site-    packages/pydicom/pixel_data_handlers/pillow_handler.py", line 187, in get_pixeldata
    raise NotImplementedError(e.strerror)

NotImplementedError: None

我的理解是 python 包 dicom 只是 pydicom 0.9.9 或更早版本，当我搜索 dicom here 时，所有匹配项都是 pydicom

Answer 1

这很可能是图像处理程序（在本例中为 Pillow）未处理压缩类型的问题。

请参阅文档当前 stable 分支中的 Supported Transfer Syntax 页面 - 您显示的 link 是针对旧版本的。如果您有旧版本的 pydicom，请更新 - 图像处理（和错误消息）一直在改进每个版本。

您可以使用 print(image.file_meta.TransferSyntaxUID) 查看您拥有的类型并据此确定 table 哪些处理程序可以支持它。

将 3D DICOM 卷从单个文件读入 numpy 数组

Reading 3D DICOM volume, from single file, into numpy array

python

dicom

pydicom