将 .maf 文件另存为 table

Question

我正在尝试将 .maf 文件另存为 table，但我总是收到以下错误：

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) : 
  cannot coerce class ‘structure("MAF", package = "maftools")’ to a data.frame

这是我使用的代码：

library(maftools)

laml.maf <- "/Users/PC/mc3.v0.2.8.PUBLIC.maf"
laml = read.maf(maf = laml.maf)

write.table(laml, file="/Users/PC/tp53atm.txt")

我知道 .maf 文件有几个字段，但我不确定如何将它们隔离以另存为 table。任何帮助将非常感激！

Answer 1

问题是，write.table 函数不知道如何处理 class MAF 的对象。

但是，您可以像这样访问底层数据：

write.table(laml@data, file="/Users/PC/tp53atm.txt")

但请注意，这种方式只会导出原始数据，而 MAF 对象包含各种其他元数据：

> slotNames(laml)
[1] "data"                           "variants.per.sample"            "variant.type.summary"           "variant.classification.summary"
[5] "gene.summary"                   "summary"                       
 "maf.silent"                     "clinical.data"                 
>

将 .maf 文件另存为 table

Saving .maf file as a table

r

bioinformatics