write.table 在应用于数据帧列表的函数内覆盖输出

Question

我几乎完成了一个 messy code 将几个统计 methods/test 应用于来自不同流域的 11 个数据帧，其中物理化学参数作为变量。我达到了目标，但我需要执行此功能。因此，首先我创建了一个函数来计算相关性，并将结果保存为 .txt tables 和 .pdf 图像。当运行函数一次到一个数据帧时效果很好（为此你应该使用 read.table 单独导入每个数据帧，这没有写在下面的代码中）。因为我希望它起作用，所以列出了 11 个数据帧，并使用 lapply 到运行每个数据帧的功能。它的工作原理是给我一个列表（corr），其中包含每个数据帧的相关结果。

问题来了：

列表 cor 与每个数据帧的相关结果看起来有值而不是数据帧，所以我不知道如何访问或保存它们（参见 corr 列表 Environment/Data window)。好吧，到这里为止，至少看起来某处存在相关结果。
第二个问题是，当我运行 corr<-lapply(PQ_data, cor_PQ)时，其中有一行将输出保存为tables (.txt) 和图像(.pdf) using part计算的原始数据框的名称（例如 PQ_data 的第一个元素是 "AgIX_E_PQ" 所以 table 和 cor_PQ(PQ_data[["AgIX_E_PQ"]] 的图应该得到名称 "mCorAgIX_E_PQ.txt" 和 "CorAgIX_E_PQ.pdf"），我只得到一个输出（mCorX[[I]].txt 和 CorX[[i]].pdf）与最后一个数据帧相关结果。也就是说，tables 和每个数据帧相关结果的图像被覆盖到这个泛型 mCorX[[I]].txt, CorX[[i]].pdf 文件中。

现在我想必须定义 'i' 或其他东西来避免这种情况。我应该为 PQ_data 定义 cor_PQ 函数而不是 X 吗？

如果有人能看到我失败的地方，请帮助我解决这个问题。

我的数据：PQ_data /将其保存在您的工作区中并用它修复setwd。我的代码：

rm(list=ls(all=TRUE))
cat("4")

setwd("C:/Users/Sol/Documents/ProyectoTítulo/CalidadAgua/Matrices/Regs") #my workspace

PQ_files<-list.files(path="C:/Users/Sol/Documents/ProyectoTítulo/CalidadAgua/Matrices/Regs",
                     pattern="\_PQ.txt") #my list of 14 dataframes in my workspace.
PQ_data<-lapply(PQ_files, read.table) #read tables of the 14 dataframes in the list.
names(PQ_data)<-gsub("\_PQ.txt","", PQ_files) #name the 14 dataframes with their original names.

#FUNCTION TO COMPUTE CORRELATIONS, SAVE TABLES AND PLOTS.
cor_PQ<-function(X) {
  corPQ<-cor(X, use="pairwise.complete.obs")
  outputname.txt<-paste0("mCor",deparse(substitute(X)),".txt")
  write.table(corPQ, file=outputname.txt)
  outputname.pdf<-paste0("Cor",deparse(substitute(X)),".pdf")
  pdf(outputname.pdf)
  plot(X)
  dev.off()
  return(corPQ)
}

corr<-lapply(PQ_data, cor_PQ)

在此之后，正如我所说，得到一个名为 "corr" 的列表，其中包含 11 个元素，其中包含我列表 (PQ_data) 中每个数据帧的相关结果，但我无法访问它们 tables 当我在我的 environment/data window 中固定 "corr" 列表时（它们不显示蓝色 R 箭头来展开元素）。 ` 我只得到 2 个名为 mCorX[[I]].txt 和 CorX[[i]].pdf 的输出文件，只显示最后一个数据帧相关结果，因为 write.table 和 .pdf 函数会覆盖前 10 个数据帧的结果计算。再次，我将不胜感激任何帮助。我真的需要推动才能理解这个想法。谢谢！！！

Answer 1

lapply 不会将列表的名称发送到函数。因此，尽管该函数适用于单个文件，但不适用于文件列表。此外，由于文件没有名称，所有生成的文件都被赋予相同的名称，因此所有新文件都会覆盖以前存在的文件，最后你得到的输出只有 1 个文件，这是列表中的最后一个元素。您可以使用下面的函数，我们将名称作为不同的参数发送，以将名称分配给文件。

cor_PQ<-function(X, Y) {
   corPQ<-cor(X, use="pairwise.complete.obs")
   outputname.txt<-paste0("mCor",Y,".txt")
   write.table(corPQ, file= outputname.txt)
   outputname.pdf<-paste0("Cor",Y,".pdf")
   pdf(outputname.pdf)
   plot(X)
   dev.off()
   return(corPQ)
}

现在使用Map来应用同样的功能。

Map(cor_PQ, PQ_data, names(PQ_data))

我们还可以使用 purrr 中的 imap 来应用此功能。

purrr::imap(PQ_data, cor_PQ)

write.table 在应用于数据帧列表的函数内覆盖输出

write.table inside a function applied to a list of data frames overwrite outputs

r

pdf

lapply

overwrite

write.table