运行 Pycharm 中的 C 脚本

Question

嘿，我正在尝试使用现有代码将蛋白质 PDB 文件转换为 GIT 向量。我正在尝试运行它，但它似乎不起作用。我相信我只是做错了。我想要做的是获取脚本运行ning 以便它可以访问 pdb 文件的文件夹并计算 GIT 向量。

我想获取运行ning的已有代码在这里给出：http://www2.mat.dtu.dk/people/Peter.Roegen/Gauss_Integrals_Tuned.html 以及关于如何编译和运行代码的说明看起来相当简单：

编译：GIT编译进入>gcc GIT.c -lm -O3 -o GIT

运行：到运行GIT输入>GIT/path/to/pdb_file_directory/Averge-gauss_integral_fileoutput.fileerror.file

我之前并没有真正使用过 C，我所有尝试运行都失败了。我使用 Mac 并且通常在 python 中编码。我下载了 Xcode 的命令行工具并确保安装了 gcc。据我了解，这足以编译 c 文件。我从上面的网站得到了 Git.c 但运行宁它导致了一堆错误：


(base) Jennifers-MBP:Binf jenniferan$ gcc Git.c -lm -O3 -o GIT 
Git.c:1808:1: warning: type specifier missing, defaults to 'int' [-Wimplicit-int]
main(int argc, char *argv[])
^
Git.c:1823:7: error: non-void function 'main' should return a value [-Wreturn-type]
      return;
      ^
Git.c:1831:7: error: non-void function 'main' should return a value [-Wreturn-type]
      return;
      ^
Git.c:1837:7: error: non-void function 'main' should return a value [-Wreturn-type]
      return;
      ^
Git.c:1844:7: error: non-void function 'main' should return a value [-Wreturn-type]
      return;
      ^
Git.c:1850:143: warning: format specifies type 'long *' but the argument has type 'int *' [-Wformat]
      sscanf(line,"%li %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf\n",&nres,&inv[0],&inv[1]...
                   ~~~                                                                                                                        ^~~~~
                   %i
Git.c:1858:11: error: non-void function 'main' should return a value [-Wreturn-type]
          return;
          ^
Git.c:1867:7: error: non-void function 'main' should return a value [-Wreturn-type]
      return ;
      ^
2 warnings and 6 errors generated.

之后我尝试了下一步，但也没有用：

(base) Jennifers-MBP:Binf jenniferan$ >GIT /Users/jenniferan/Desktop/Binf/ Averge-gauss_integral_file output.file error.file
bash: /Users/jenniferan/Desktop/Binf/: is a directory
(base) Jennifers-MBP:Binf jenniferan$

（"Binf" 是我的 .pdb 文件所在的折叠）。

也许在终端中执行此操作是错误的，也许是其他原因。我完全不知道如何成功运行这个脚本。

你们有什么建议吗？

Answer 1

第 1850 行：将第一个“%li”更改为“%d”；

Git.c:1850:143: warning: format specifies type 'long *' but the argument has type 'int *' [-Wformat]
      sscanf(line,"%li %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf %lf\n",&nres,&inv[0],&inv[1]...

将第 1858 行更改为

int main(int argc, char *argv[])

更改最后一行：

到

return 0;
}

他们再次尝试编译

运行 Pycharm 中的 C 脚本

Running a C script in Pycharm

c

python

xcode

compiler-errors

pdb-files