position_dodge 在条形图上叠加点（和误差线）

Question

我一直在努力寻找我的特定问题的答案，但我没有成功，所以我刚刚在这里 post 做了一个 MWE。

我尝试了 here 的答案，但没有成功。

我想做的任务看起来很简单，但我想不通，得到的结果让我有一些基本的问题...

我只想在条形图上叠加点和误差条，使用 ggplot2。

我有一个长格式数据框，如下所示：

> mydf <- data.frame(cell=paste0("cell", rep(1:3, each=12)),
   scientist=paste0("scientist", rep(rep(rep(1:2, each=3), 2), 3)),
   timepoint=paste0("time", rep(rep(1:2, each=6), 3)),
   rep=paste0("rep", rep(1:3, 12)),
   value=runif(36)*100)

我试图通过以下方式获得我想要的情节：

myPal <- brewer.pal(3, "Set2")[1:2]
myPal2 <- brewer.pal(3, "Set1")
outfile <- "test.pdf"
pdf(file=outfile, height=10, width=10)
print(#or ggsave()
  ggplot(mydf, aes(cell, value, fill=scientist )) +
  geom_bar(stat="identity", position=position_dodge(.9)) +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge(.9), size=5) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_manual(values=myPal) +
  scale_color_manual(values=myPal2)
)
dev.off()

但是我得到了这个：

问题是，每个 "scientist" 柱应该有 3 个 "rep" 值，但这些值是按 "rep" 排序的（它们应该是 1,2,3,1 ,2,3，而不是 1,1,2,2,3,3)。

此外，我想用 geom_errorbar 添加错误栏，但我没能得到一个工作示例...

此外，叠加的实际值指向条形图，这让我想知道这里实际绘制的是什么......如果每个条形图的值都正确，以及为什么最大值（或者看起来如此）默认绘制。

我认为应该正确绘制的方法是使用中位数（或均值），在箱线图中添加误差线，例如胡须（最小值和最大值）。

知道如何...

... "rep" 值点的顺序是否正确？
...将条形显示的值从最大值更改为中值？
...添加带有最大值和最小值的误差线？

Answer 1

我稍微调整了您的绘图代码，使事情变得更容易。秘诀是使用适当的分组（否则可以从 fill 和 color 中推断出来）。此外，由于您要在多个级别上躲避，因此必须使用 dodge2。

当您不确定 bar/column 图表中的 "what is plotted where" 时，添加选项 color="black" 总是有帮助的，因为您的使用 dodge 而不是 dodge2.

p = ggplot(mydf, aes(x=cell, y=value, group=paste(scientist,rep))) +
  geom_col(aes(fill=scientist), position=position_dodge2(.9)) +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge2(.9), size=5) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

ggsave(filename = outfile, plot=p, height = 10, width = 10)

给出：

关于误差线

因为只有三个重复，我会展示原始数据点，也许还有小提琴图。为了完整起见，我还添加了一个 geom_errorbar.

ggplot(mydf, aes(x=cell, y=value,group=paste(cell,scientist))) +
  geom_violin(aes(fill=scientist),position=position_dodge(),color="black") +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge(0.9), size=5) +
  geom_errorbar(stat="summary",position=position_dodge())+
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

给予

评论后更新

正如我在下面的评论中提到的，百分比的叠加会导致不良结果。

ggplot(mydf, aes(x=paste(cell, scientist), y=value)) +
  geom_bar(aes(fill=rep),stat="identity", position=position_stack(),color="black") +
  geom_point(aes(color=rep), position=position_dodge(.9), size=3) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

position_dodge 在条形图上叠加点（和误差线）

Overlay points (and error bars) over bar plot with position_dodge

r

ggplot2

bar-chart

point

errorbar

关于误差线

评论后更新