使用 R Inline 和 fortran 进行多维数组操作

Question

我想将 Fortran 代码集成到我的 R 包中。为了练习，我尝试将 inline 与 Fortran 代码一起使用。我可以创建 cfunction，但是，当我尝试运行它时，我得到了 segfault

library(inline)
src = "
integer i, j, k
do k = 1, prok
  do j = 1, ncolv
    do i = 1, nrowv
        emis(i, j,k) = veh(i,j) * lkm(i) * ef(j)*pro(k)
     end do
   end do
end do
"
work <- cfunction(sig = signature(
  nrowv="integer",
  ncolv = "integer",
  prok = "integer",
  veh="numeric",
  lkm = "numeric",
  ef = "numeric",
  pro = "numeric",
  emis = "numeric"), 
  implicit = "none", 
  dim = c("", "", "", "(nrowv,ncolv)",
          "(nrowv)","(ncolv)","(prok)","(nrowv,ncolv,prok)"),
  src, 
  language="F95",
  verbose = F)

work(nrowv = 3, ncolv = 2, prok = 3, veh = 1:6, lkm = 1:3, ef = 1:2, pro = 1:4, emis = as.numeric(1))

给出：分段错误（核心已转储）我加了work函数的print，看看子程序如何。

print(work)
An object of class 'CFunc'
function (nrowv, ncolv, prok, veh, lkm, ef, pro, emis) 
.Primitive(".Fortran")(<pointer: 0x7ffac77db100>, nrowv = as.integer(nrowv), 
    ncolv = as.integer(ncolv), prok = as.integer(prok), veh = as.double(veh), 
    lkm = as.double(lkm), ef = as.double(ef), pro = as.double(pro), 
    emis = as.double(emis))
<environment: 0x55ab99679e70>
code:
  1: 
  2:  SUBROUTINE file77f62087457e ( nrowv, ncolv, prok, veh, lkm, ef, pro, emis )
  3: IMPLICIT none
  4: INTEGER nrowv
  5: INTEGER ncolv
  6: INTEGER prok
  7: DOUBLE PRECISION veh(nrowv,ncolv)
  8: DOUBLE PRECISION lkm(nrowv)
  9: DOUBLE PRECISION ef(ncolv)
 10: DOUBLE PRECISION pro(prok)
 11: DOUBLE PRECISION emis(nrowv,ncolv,prok)
 12: 
 13: integer i, j, k
 14: do k = 1, prok
 15:   do j = 1, ncolv
 16:     do i = 1, nrowv
 17: emis(i, j,k) = veh(i,j) * lkm(i) * ef(j)*pro(k)
 18:       end do
 19:     end do
 20: end do
 21: 
 22: RETURN
 23: END
 24:

Answer 1

您的输入和输出变量必须精确。两者 w.r.t。数据类型和大小：

nrowv、ncolv 和 prok 是整数，但您提供的是数字。
veh、lkm、ef 和 pro 是数字，但您提供了一个整数向量。
pro 的大小应为 prok
输出向量的大小应为 nrowv * ncolv * prok，但你只给它一个长度为 1 的向量

改变这一切，我得到了一些输出。我还没有验证它是否正确：

> work(nrowv = 3L,
+      ncolv = 2L,
+      prok = 3L,
+      veh = as.numeric(1:6),
+      lkm = as.numeric(1:3),
+      ef = as.numeric(1:2),
+      pro = as.numeric(1:3),
+      emis = numeric(3*2*3))
$nrowv
[1] 3

$ncolv
[1] 2

$prok
[1] 3

$veh
[1] 1 2 3 4 5 6

$lkm
[1] 1 2 3

$ef
[1] 1 2

$pro
[1] 1 2 3

$emis
 [1]   1   4   9   8  20  36   2   8  18  16  40  72   3  12  27  24  60 108

顺便说一句，您可能对这个答案感兴趣：

使用 R Inline 和 fortran 进行多维数组操作

Multidimensional array operation with R Inline and fortran

fortran

r

inline