在卡方检验中省略 Na 值

Question

我需要一个函数来获取矩阵中多个卡方检验的 p 值寻找，我找到了这段代码：

chisqmatrix <- function(x) {
  names = colnames(x);  num = length(names)
  m = matrix(nrow=num,ncol=num,dimnames=list(names,names))
  for (i in 1:(num-1)) {
    for (j in (i+1):num) {
      m[i,j] = chisq.test(x[,i],x[,j],)$p.value
    }
  }
  return (m)
}
mat = chisqmatrix(DATAFRAME)
mat

而且效果很好！

但问题是我需要这个函数省略 NA 值。

我不能只省略所有数据框中的 NA 值，我需要为函数中的每一对省略它们

因此，当 x[,i] select 列时，我如何才能实现该列，以便仅采用不为空的值。我试过 !="NA" 之类的东西，但方法不正确。

谢谢！

Answer 1

您确实需要提供可重现的数据。如手册页所述，chisq.test 在计算之前删除缺失值：

set.seed(42)
x <- matrix(sample(c(LETTERS[1:3], NA), 100, replace=TRUE), 20, 5)
x <- data.frame(x)
head(x)
#     X1   X2   X3 X4   X5
# 1    A    C    C  A <NA>
# 2    A    C    C  B    A
# 3    A    A    B  B    B
# 4    A    A    B  B    A
# 5    B    C <NA>  B    A
# 6 <NA> <NA> <NA>  B <NA>
x.chi <- chisq.test(x[, 1], x[, 2])
# Warning message:
# In chisq.test(x[, 1], x[, 2]) : Chi-squared approximation may be incorrect
x.chi$observed
#       x[, 2]
# x[, 1] A B C
#      A 3 1 3
#      B 2 1 2
sum(x.chi$observed) # How many observations in x.chi?
[1] 12
nrow(na.omit(x[, 1:2])) $ How many rows in x after removing NAs?
[1] 12

您的函数将完全按照您的意愿执行。

在卡方检验中省略 Na 值

Omit Na values in a Chi Squared test

r

chi-squared

missing-data

na