如何使用 R shiny 绘制热图

Question

我正在为 pheatmap 使用 R shiny，我想读取文件并绘制热图，但它没有用。可以读取csv文件，但是网页上看不到内容，无法绘制热图。

library(shiny)
library(pheatmap)
ui = fluidPage("Test",
               sidebarPanel(
               fileInput("file1", "Choose CSV File",
                   accept = c(
                   "text/csv",
                   "text/comma-separated-values,text/plain",
                   ".csv")
                     ),
               tags$hr(),
               checkboxInput("header", "Header", TRUE)
               ),
                tabPanel('map', 
                         sidebarLayout(
                           sidebarPanel('side',
                                        actionButton('getHmap', 'get heatmap')
                           ),
                           mainPanel('main',
                                     plotOutput("themap")
                           )
                         ))
)

server = function(input, output, session) {
       a <- reactive({
       inFile <- input$file1
       if (is.null(inFile))
       return(NULL)
       tbl <- read.csv(inFile$datapath, header=input$header, sep=input$sep,  dec = input$dec)
       return(tbl)
   })
       output$table.output <- renderTable({
       a()
   })
    observeEvent(input$getHmap, {
    row.names(a) <- a$Name
    a <- a[,-1]
    a[is.na(a)] <- 0
    output$themap = renderPlot({        
    pheatmap(a)
  })
  })
}

shinyApp(ui, server)
```[![The original data I used][1]][1]


  [1]: https://i.stack.imgur.com/S83cH.png

Answer 1

这可能是一个完整的工作示例。这似乎对我有用。进行了以下更改：

已将 tableOutput("table.output") 添加到 ui
已将 read.csv 简化为 inputs，因为 sep 和 dec 缺失
创建了 plotData 函数作为 eventReactive 使用操作按钮绘制热图
在为绘图添加行名之前将数据转换为矩阵
output$themap调用plotData函数

library(shiny)
library(pheatmap)
ui = fluidPage("Test",
               sidebarPanel(
                 fileInput("file1", "Choose CSV File",
                           accept = c(
                             "text/csv",
                             "text/comma-separated-values,text/plain",
                             ".csv")
                 ),
                 tags$hr(),
                 checkboxInput("header", "Header", TRUE)
               ),
               tabPanel('map', 
                        sidebarLayout(
                          sidebarPanel('side',
                                       actionButton('getHmap', 'get heatmap')
                          ),
                          mainPanel('main',
                                    plotOutput("themap"),
                                    tableOutput("table.output")
                          )
                        ))
)

server = function(input, output, session) {
  a <- reactive({
    inFile <- input$file1
    if (is.null(inFile))
      return(NULL)
    tbl <- read.csv(inFile$datapath, header=input$header) #, sep=input$sep,  dec = input$dec)
    return(tbl)
  })

  output$table.output <- renderTable({
    a()
  })

  plotdata <- eventReactive(input$getHmap, {
    a <- as.matrix(a()[-1])
    row.names(a) <- a()$Name
    a[is.na(a)] <- 0
    a
  })

  output$themap = renderPlot({ 
    pheatmap(plotdata())
  })
}

shinyApp(ui, server)

如何使用 R shiny 绘制热图

How to plot heatmap with R shiny

r

csv

shiny

pheatmap